Właśnie w roku 1575 czescy innowiercy czyli: luteranie, nowoutrakwiści i bracia czescy powołali wspólne wyznanie wiary zwane czeską konfesją. Z teologicznego punktu widzenia trzonem konfesji były przekonania husytów, ale uzupełnione o poprawki luteran i braci czeskich. Twórcy konfesji starali się omijać różnice teologiczne, skupiając się przede wszystkim na dookreśleniu spraw organizacyjnych nowego ruchu religijnego. Konfesj miał kierować konsystorz, który miał podlegać nadzorowi stanów ziemskich za pośrednictwem wybieranych defensorów.
W tym okresie katolicy stanowili w Czechach tylko 15 proc. mieszkańców, ale religia ta była rodzajem gwarancji istnienia cesarstwa Habsburgów, toteż w ostatnich latach XVI wieku to katolicy obejmowali najwyższe urzędy w państwie. Z katolicyzmem sympatyzowali królowie czeski i węgierski oraz cesarz Rudolf II, który w roku 1604 ogłosił, że katolicyzm jest jedynym dozwolonym wyznaniem na Węgrzech.
Wywołało to wybuch powstania, na którego czele stanął siedmiogrodzki szlachcic Stefana Bocskay. Pod jego dowództwem powstańcza armia wkroczyła na teren czeskiego królestwa. Zapoczątkowało to pasmo wojen o charakterze religijnym. Węgierscy powstańcy nie znalazłszy poparcia w Czechach zmuszeni zostali do wycofania się na Węgry. W roku 1606 pod wrażeniem zagrożenia najazdem tureckim Habsburgowie zawarli pokój z Bocskay'em. Jednak cesarz Rudolf II nie chciał podpisać traktatu, który oznaczał wycofanie się z wcześniejszego zarządzenia, toteż zamiast niego swój podpis na dokumencie pokojowym złożył jego brat arcyksiążę Maciej Habsburg.
Zachęcony politycznym powodzeniem Maciej zaczął szukać sposobu na pozbawienie brata tronu i zajęcie jego miejsca. W latach 1607–1608 zyskał poparcie stanów austriackich, węgierskich i morawskich dla idei detronizacji Rudolfa.
I tym razem Rudolf zachował tron dzięki postawie Czechów. W kwietniu 1608 r. Maciej na czele armii swoich stronników wkroczył do Czech. W jego imieniu przywódca morawskiej opozycji Karel starszy z Žerotína wezwał stany czeskie do poparcia arcyksięcia. Jednak czescy protestanci odmówili, bo Rudolf II obiecał spełnić ich żądania wprowadzenia swobody religijnej. Zmusiło to Macieja do zawarcia z bratem pokoju. Układ zawarto w Libni koło Pragi. Arcyksiążę Maciej wynegocjował dla siebie władzę nad Węgrami, Morawami i Austrią. Rudolf zatrzymał Czechy, Dolne i Górne Łużyce oraz Śląsk. Musiał też zatwierdzić traktat pokojowy zawarty przez Macieja z Bocskay'em.
Gdy wojna się zakończyła czescy protestanci, którzy okazali się wiernymi poddanymi katolickiego cesarza zaczęli na nim egzekwować dotrzymanie obietnic. Przedstawiciele opozycji rozpoczęli rozmowy z cesarzem Rudolfem II. W efekcie 9 lipca 1609 r. cesarz wydał tzw. List majestatyczny, w którym zatwierdził konfesję czeską. Dokument m.in. stanowił, że nikt nie może być wbrew swojej woli zmuszany do przyjęcia jakiegokolwiek wyznania. Ponadto uchwalono tzw. Dodatki zawierające m.in. gwarancję równouprawnienia katolików i protestantów. Ponadto cesarz przysiągł nie konfiskować majątków przeciwnikom politycznym. Już 20 sierpnia 1609 r. cesarz wydał List majestatyczny także dla Śląska gwarantujący obu wyznaniom swobodę odprawiania nabożeństw w swoim obrządku. Jednocześnie oddzielono urząd starosty generalnego od funkcji biskupa wrocławskiego. Do tej pory biskupi jako książęta Nysy byli równocześnie śląskimi starostami generalnymi.
List majestatyczny został unieważniony przez kolejnego cesarza w roku 1620 po klęsce czeskich stanów w bitwie na Białej Górze.