Urodził się 11 stycznia 1582 roku w Prudniku jako jedenaste dziecko pastora Stefana Heneliusa i jego żony Anny z domu Kühne (KENE). Edukację rozpoczął w łacińskiej szkole w Prudniku i kontynuował w Opawie, a potem w gimnazjum św. Elżbiety we Wrocławiu.

W Wielkanoc roku 1600 podróżując do Lipska gdzie miał studiować medycynę, spotkał kilku studentów, w efekcie z którymi rozmów rozpoczął studia prawnicze na uniwersytecie w Jenie.

Po śmierci ojca w roku 1602 przerwał naukę i wrócił do Prudnika. Wkrótce podjął pracę w miejscowości Strzeszów jako guwerner dzieci wrocławskiego patrycjusza Mikołaja Rehdigera.

Gdy otrzymał intratną propozycję objęcia funkcji gimnazjalnego nauczyciela, wybrał podróż po Europie w towarzystwie oddanych mu pod opiekę dzieci. W roku 1610 w Bazylei uzyskał tytuł doktora prawa. W roku 1611 rozpoczął praktykę adwokacką przy Rynku Solnym we Wrocławiu.

W kolejnych latach pracował jako pisarz ziemskiej regionalnej rady adwokackiej w Ziębicach, radca książęcy księstwa Legnicko-Brzesko-Wołowskiego, syndyk czyli nadzorca pisarzy miejskich we Wrocławiu.

Za zasługi dla nauki 30 maja 1642 roku otrzymał dziedziczny tytuł czeskiego szlachcica i przydomek rodowy von Hennenfeld, został też mianowany członkiem cesarskiej rady obwodu ząbkowickiego.

Sławę przyniosły mu pisane po łacinie prace naukowe, szczególnie dotyczące historii Śląska. W roku 1613 opublikował „Silesiographię” czyli kompendium wiedzy o Śląsku oraz jego ówczesnej stolicy Wrocławiu. Opisał tam pochodzenie nazw geograficznych, bogactwa naturalne, władców, ustrój, miasta, przyrodę i wiele innych ciekawostek.

Mikołaj Henel zmarł 23 lipca 1656 r. we Wrocławiu. Pozostawił po sobie także rękopis zatytułowany „Silesia Togata” zawierający biografie ok. 600 śląskich humanistów i uczonych.

W pół wieku po śmierci autora w roku 1704 jego dzieła zebrał i uzupełnił prałat wrocławskiego kościoła św. Macieja Michael Joseph Fibiger. To wydanie przeszło do historii jako pierwsza zbiorowa publikacja naukowa o Śląsku.

W roku 1730 w Lipsku wydano kolejny rękopis Heneliusa zatytułowany „Annales Silesiae”. Była to kronika Śląska doprowadzona od zarania historii do roku 1612, a opracowana w oparciu o dokumenty kościelne i archiwum miasta Wrocławia.

W tym samym roku wydano także jego kronikę śląskich książąt. Prace Mikołaja Henela z Prudnika były podstawowymi źródłami wiedzy o Śląsku dla wielu pokoleń naukowców.