O tym, że Małgorzata Przemyślidka pochodziła z nie byle jakiego rodu świadczyć może chociażby ten fakt, że jej daty życia są dokładnie znane.
Urodziła się 21 lutego 1296 roku w Pradze jako córka króla czeskiego Wacława II, który cztery lata później został w Gnieźnie koronowany także na króla polskiego. Jej matką była Guta von Habsburg córka niemieckiego króla Rudolfa I, który zbudował podwaliny pod późniejszą świetność rodu Habsburgów oraz pod siłę cesarstwa rzymskiego narodu niemieckiego, które przetrwało aż do roku 1918.
Była więc Małgorzata Przemyślidka czeską królewną, której ojciec szczególną aktywnością polityczną wykazywał się na kierunku polskim, a szczególnie śląskim. To on na przełomie XIII i XIV wieku zhołdował najważniejsze śląskie księstwa, po bezpotomnej śmierci swojego zięcia Leszka Czarnego zajął tron krakowski, co wkrótce doprowadziło go do wspomnianej już w roku 1300 koronacji na króla polskiego w Gnieźnie.
W roku 1301 Wacław został opiekunem małoletnich synów dolnośląskiego księcia Henryka Brzuchatego. Najstarszy z nich Bolesław zwany później Rozrzutnym miał wtedy 9 lat. To jego upatrzył sobie król Wacław na męża swojej córki Małgorzaty. Do ślubu doszło dwa lata później gdy Bolko miał 11 a Małgorzata 7 lat.
Związek ten miał utrwalić zależność księstwa brzesko-legnickiego od czeskiego tronu. Zanim małżonkowie osiągnęli lata pozwalające im na skonsumowanie związku królewski ojciec zmarł i Małgorzata nie otrzymała żadnego posagu. Aby sobie zrekompensować tę stratę w roku 1308 Bolesław zajął zbrojnie księstwo opawskie. Brat Małgorzaty wykupił je za 8000 grzywien i zrzeczenie się pretensji do posagu Małgorzaty.
Ze związku Małgorzaty z Bolesławem Rozrzutnym urodziło się dwóch przyszłych książąt: Wacław I legnicki i Ludwik I Brzeski. W roku 1322 Małgorzata zmarła rodząc trzeciego syna Mikołaja, niemowlę także wkrótce zmarło. Jako przedstawicielka królewskiego rodu Małgorzata została pochowana w mauzoleum Przemyślidów w klasztorze w Zbrasławiu pod Pragą.