W zasobach Centralnego Archiwum Wojskowego znajduje się szereg meldunków potwierdzających, że wraz z upływem dni morale polskich żołnierzy podupadało. Był to skutek niewygód, sytuacji niepewności i poczucia stałego zagrożenia ze strony zarówno cywilów, jak i wojskowych. Szczególnie w pierwszym okresie operacji żywa była obawa, że dojdzie do partyzanckiej wojny. W raporcie podsumowującym pierwszy okres działań 2. Armii Wojska Polskiego znajdujemy taki oto cytat: [...] Trzeba będzie się liczyć nawet z totalnym oporem typu dywersyjnego i sabotażowego, z paleniem zabudowań, niszczeniem dróg i mostów, zakażaniem źródeł wody oraz środków żywnościowych itp.”.

W innych raportach czytamy, że z informacji czechosłowackiej służby bezpieczeństwa miało wynikać, że na terenie powiatu Szumperk ludność cywilna tworzy tzw. grupy szturmowe, które jako główne zadanie stawiają sobie podjęcie walki z wojskami Układu Warszawskiego, które wkroczyły do Czechosłowacji. Jedną z form tej walki miała być budowa zapór na drogach w celu utrudniania ruchu wojsk Układu Warszawskiego. Podobnie miało być w powiecie Trutnow, gdzie rzekomo powstające grupy bojowe, miały stawiać sobie za cel dokonywanie napadów na posterunki jednostek wojskowych ZSRR i PRL.

Były też nieoczekiwane ataki... Jeden z żołnierzy po latach wspominał, że któregoś dnia jego kolegom wywrócono auto podczas patrolu. Czeska ciężarówka wepchnęła ich do rowu i szybko odjechała. Nie widzieli kierowcy. Skończyło się jednak w miarę bezboleśnie: gazik był trochę pogięty a żołnierze mieli podrapane nosy.

Żołnierze, znudzeni przedłużającą się okupacją, gdy tylko poczuli, że zagrożenie nie jest tak wielkie, jak początkowo sądzono, wymykali się z miejsc stacjonowania w poszukiwaniu wrażeń i.... alkoholu. 23 września do miejscowości Chrudim udało się trzech nierozpoznanych z nazwisk żołnierzy z 17. Pułku Zmechanizowanego, którzy w miejscowej restauracji poprosili o trzy kufle piwa, za które chcieli zapłacić najprawdopodobniej ćwiartką wódki. Z informacji zamieszonych w późniejszym raporcie wynika, że bufetowa nie przyjęła od nich wódki, lecz zabrała żołnierzom w zamian za piwo ich czapki, które wykupili dopiero po sprzedaniu posiadanej wódki innym cywilom.

Problemy z zaopatrzeniem, a podkreślić należy, że całość tego zaopatrzenia musiała być sprowadzana z Polski, bo Czesi nie współpracowali w tym zakresie, powodowały, że niektórzy próbowali wzbogacać codzienną dietę na swój sposób. Na stanowisko dowodzenia kwatermistrzostwa 4. Dywizji Zmechanizowanej zgłosił się któregoś dnia leśniczy, który złożył meldunek, że dwóch żołnierzy strzelało do zwierzyny w rezerwacie. Leśniczy na dowód przedstawił dwie łuski od kbk AK. Nie wiadomo czy polowanie zakończyło się sukcesem, wiadomo natomiast, że nie był to odosobniony przypadek.

Mnożyły się też incydenty spowodowane nieostrożnym obchodzeniem się z bronią, także ze skutkiem śmiertelnym. Choć zdarzały się i przypadki samookaleczeń, które od wieków stosowali żołnierze, chcący się wykpić od dalszej służby. W archiwach znaleźć można opis postępku szeregowego Jana M. z 10. Pułku Łączności, który oddany został pod sąd za to, że wystrzałem z broni spowodował u siebie lekkie obrażenie ciała, by, jak uzasadniano w oskarżeniu: tą drogą uniknąć trudów codziennego życia wojskowego.

Obawiano się też użycia – można to chyba tak nazwać – broni biologicznej. W kolejnym z raportów zrodzonych w polskich jednostkach napisano, że w związku z nasilającymi się chorobami wenerycznymi i stwierdzonymi wypadkami – jak to określono – prowokacyjnego organizowania kontaktów prostytutek wenerycznie chorych z żołnierzami na terenie stacjonowania naszych wojsk, zalecano lekarzom, przy współudziale oficerów politycznych, przeprowadzenie pogadanek o chorobach wenerycznych.