Jan Sarkander był jednym z czterech synów Grzegorza Sarkandra i Heleny z domu Góreckiej. Po śmierci ojca rodzina przeniosła się do Priboru na Morawach. Tam Jan ukończył szkołę parafialną, a potem niższe studia w kolegium jezuickim w Ołomuńcu.

W latach 1600-1603 studiował filozofię na uniwersytecie Karola w Pradze. Kolejne trzy lata zajęły mu doktoranckie studia teologiczne w Graz. W grudniu 1607 roku został diakonem, a w roku 1609 wyświęcono go na kapłana.

Przez 7 lat pracował w kilku parafiach na Morawach, by w roku 1616 objąć stanowisko proboszcza w Holeszowie pod Ołomuńcem. Trzy lata później odbył pielgrzymkę do Częstochowy i Krakowa.

Kiedy w lutym 1620 roku jego parafii zagroził napad maszerujących przez Morawy lisowczyków Jan Sarkander wyszedł im na spotkanie w procesji z Najświętszym Sakramentem, aby pokazać najemnikom, że Holeszów to miasto katolickie. Cel został osiągnięty i lisowczycy ominęli miasteczko. Niestety w innych miejscach swym zwyczajem rabowali, palili i gwałcili czym zaskarbili sobie powszechną nienawiść.

Morawscy protestanci ogłosili wówczas, że lisowczyków na Morawy sprowadził ksiądz Jan Sarkander, wkrótce oskarżono go o zdradę stanu. Aresztowano go i poddano torturom w ołomunieckim więzieniu. Podczas śledztwa zażądano aby ujawnił treść spowiedzi również podejrzewanego o zdradę namiestnika Moraw, barona Władysława Popiela Lobkovica.

W efekcie tortur Jan Sarkander umarł w ołomunieckim więzieniu 17 marca 1620 roku.

Jego kult jako męczennika rozwijał się początkowo lokalnie na Morawach i na Śląsku. Do jego grobu pielgrzymowali najważniejsi przedstawiciele ówczesnych dworów, tacy jak król polski Jan III Sobieski czy cesarz austriacki Karol VI Habsburg i wielu wielu innych.

Dopiero 3 listopada 1859 roku Papież Pius IX ogłosił Jana Sarkandra błogosławionym. W roku 1970 rozpoczął się proces kanonizacyjny Jana Sarkandra.

Ukoronowaniem tego procesu było ogłoszenie męczennika świętym przez Jana Pawła II 21 maja 1995 roku w Ołomuńcu. Dzień później Jan Paweł II odprawił mszę dziękczynną w Skoczowie – mieście, w którym urodził się śląski święty. Wspomnienie świętego Jana Sarkandra obchodzone jest 30 maja.