Syn inżyniera kolejnictwa i powstańca styczniowego Macieja Moraczewskiego Jędrzej urodził się 13 stycznia 1870 r. w Trzemesznie w Wielkopolsce. Był absolwentem Politechniki Lwowskiej i działaczem partii socjalistycznych.

Już w czasie studiów doszedł do przekonania, że w walce o niepodległość Polski należy wykorzystać potencjał tkwiący w ludowych masach czyli w chłopach i robotnikach.

Propagował ideę przekonywania tych warstw do walki o niepodległą Polskę obietnicami rozwiązania ich problemów socjalnych. Po odbyciu rocznej służby wojskowej w austriackiej armii ożenił się z socjalistyczną działaczką Zofią Gostkowską. Utrzymywał się z pracy jako inżynier przy budowie galicyjskich linii kolejowych.

To z paszportem Jędrzeja Moraczewskiego odbył obserwowany przez carskich agentów Józef Piłsudski w roku 1904 słynną podróż do zaangażowanej w wojnę z Rosją Japonii, gdzie zabiegał o utworzenie na terenie Kraju Kwitnącej Wiśni polskiego legionu, który miałby walczyć u boku Japończyków z Rosjanami.

W roku 1907 został Jędrzej Moraczewski posłem do austro-węgierskiego parlamentu. Porzucił wówczas pracę zawodową by oddać się polityce. Jego wielkim osiągnięciem było doprowadzenie do poprawy warunków pracy robotników kolejowych i górników solnych, nic zatem dziwnego, że wybrano go posłem na drugą kadencję, podczas której skupił się na rozwoju ruchu spółdzielczego i związkowego. Prowadził także zajęcia rozwojowe dla robotników, wspierał teatry amatorskie i wygłaszał odczyty. Pozostał austriackim parlamentarzystą do października 1918 r.

Jeszcze przed wybuchem I wojny światowej był Jędrzej Moraczewski jednym z twórców drużyn strzeleckich. Po wybuchu wojny wstąpił do I Brygady Legionów, w której awansował do stopnia porucznika. W tym czasie opracował regulamin legionowej musztry i przetłumaczył niemiecką pracę o umocnieniach polowych. Zwolniony z Legionów na rozkaz Piłsudskiego wszedł w skład Naczelnego Komitetu Narodowego.

Był jednym z przywódców Konwentu Organizacji A zrzeszającej zwolenników obozu piłsudczykowskiego. Równocześnie był politycznym przywódcą Polskiej Organizacji Wojskowej.

To z jego inicjatywy Koło Polskie w wiedeńskim parlamencie uchwaliło wniosek domagający się zwolnienia legionistów internowanych w Szczypiornie. Dążąc do pełnej niepodległości Polski lansował pogląd, że może ją wywalczyć tylko silna armia, w której szeregach szerokie masy ludowe będą walczyć o Polskę, w której ich prawa wzrosną. Widział zatem drogę do niepodległości w rewolucji socjalnej.

7 października 1918 r. Po ogłoszeniu niepodległości przez Radę Regencyjną socjaliści skupieni wokół Ignacego Daszyńskiego powołali alternatywny do warszawskiego zdominowanego przez Narodowców, swój własny socjalistyczny rząd w Lublinie. Jędrzej Moraczewski został w tym rządzie ministrem komunikacji. Gdy 11 listopada Rada Regencyjna przekazała władzę Józefowi Piłsudskiemu, podporządkował się jego rozkazom także i złożony z jego najbliższych współpracowników rząd lubelski.

Pierwszym zadaniem jakiego podjął się Piłsudski po objęciu władzy było utworzenie rządu. Na premiera desygnował Jędrzeja Moraczewskiego, mówiąc doń tymi słowami: „Panie kapitanie, ma pan zostać prezesem ministrów, ale pod dwoma warunkami: pierwszy, by pan nie wkraczał swymi zarządzeniami w jakiekolwiek stosunki społeczne, drugi wypracuje pan w ciągu jednego tygodnia ustawę wyborczą, i to tak, jak gdyby pan miał budować okopy.”

Rząd Moraczewskiego ordynację wyborczą opracował w ciągu trzech pierwszych dni funkcjonowania, ale równocześnie dokonał wielu radykalnych reform społecznych, takich jak przyznanie praw wyborczych wszystkim obywatelom Rzeczpospolitej bez względu na status społeczny, także kobietom, co było wówczas w Europie dość nowatorskie.

Ponadto gabinet Moraczewskiego wprowadził ośmiogodzinny dzień pracy, zagwarantował działalność związków zawodowych wraz z prawem do strajku, zorganizował państwową inspekcję pracy, wprowadził ubezpieczenia chorobowe, ochronę lokatorów. Równocześnie jednak instalował w Polsce ustrój republikański w jego lewicowej odmianie, wyrzucając religię ze szkół i ostentacyjnie wycinając koronę z głowy orła w godle państwa.

To wszystko wywołało chęć oporu w środowiskach prawicowych. W nocy z 4 na 5 stycznia 1919 roku grupa oficerów pod wodzą pułkownika Mariana Żegoty-Januszajtisa w inspiracji grupy polityków skupionych wokół Eustachego Spaiechy podjęła próbę dokonania zamachu stanu. Wśród pierwszych aresztowanych był premier Jędrzej Moraczewski.

Zamach spacyfikowała postawa Józefa Piłsudskiego, którego aresztować żołnierze się nie ośmielili. W efekcie tego wydarzenia Piłsudski w kilka dni później odwołał rząd Moraczewskiego desygnując na funkcję premiera wywodzącego się z Narodowej Demokracji Ignacego Paderewskiego.

W kolejnych latach kilkakrotnie pełnił Jędrzej Moraczewski funkcję ministra robót publicznych. To on pierwszy kupił sobie dom w Sulejówku pod Warszawą i namówił małżeństwo Piłsudskich do kupna sąsiadującego z nim dworku. Obie rodziny pozostały na zawsze w zażyłych stosunkach.

Jędrzej Moraczewski zginął od przypadkowej sowieckiej kuli 5 sierpnia 1944 roku w Sulejówku.