W tym czasie rozstrzeliwali tam osoby przywożone z Pawiaka i innych więzień warszawskich, łącznie ponad 1700 osób. Ofiarami byli adwokaci i przedstawiciele innych zawodów prawniczych, inżynierowie, artyści, nauczyciele, lekarze, wojskowi, sportowcy, działacze społeczni i polityczni, urzędnicy. Egzekucje przeprowadzane przez Niemców w Palmirach stanowiły część tzw. akcji A-B, której celem była likwidacja polskiej inteligencji. Wśród zamordowanych w Palmirach w czerwcu 1940 roku był Maciej Rataj - działacz ludowy i marszałek Sejmu RP, Jan Pohoski - wiceprezydent Warszawy, a także Janusz Kusociński, słynny biegacz, złoty medalista olimpijski z Los Angeles w 1932 roku, podczas wojny członek konspiracyjnej Organizacji Wojskowej "Wilki".

Podczas egzekucji więźniom zawiązywano oczy, a następnie strzelano do nich z broni maszynowej. Zwłoki umieszczano w dołach, które zasypywano i maskowano darnią. Niemcy starali się o zachowanie w tajemnicy miejsca zbrodni. Jednak miejscowa ludność obserwowała nadjeżdżające transporty, a dzięki informacjom gromadzonym przez leśników, już podczas okupacji polskie podziemie oraz duża część społeczeństwa wiedziały o Palmirach.

Przeprowadzane przez Niemców w Puszczy Kampinoskiej egzekucje stanowiły część tzw. akcji A-B, której celem była likwidacja polskiej inteligencji. Na cmentarzu w Palmirach spoczywa ponad dwa tysiące Polaków i Żydów, są tam też szczątki osób przywożonych z innych miejsc, między innymi z podwarszawskich Lasek i Lasów Chojnowskich. Przy wejściu do nekropolii widnieje napis: "Łatwo jest mówić o Polsce, trudniej dla niej pracować, jeszcze trudniej umrzeć, a najtrudniej cierpieć". Słowa te podczas wojny wyrył nieznany więzień na ścianie celi niemieckiego więzienia w alei Szucha.

W 2011 roku zostało otwarte nowe Muzeum - Miejsce Pamięci Palmiry. Jest to surowy budynek z betonu i szkła wkomponowany w las. Przez przeszklone ściany obiektu widać cmentarz w Palmirach. Znajduje się w nim stała ekspozycja, upamiętniająca ofiary egzekucji niemieckich w latach 1939-1943 w Puszczy Kampinoskiej.