Wszyscy członkowie Związku Polaków w Niemczech wpisywani byli na specjalną opracowywaną w Berlinie przez SS przy współudziale kontrwywiadu wojskowego listę „wrogów Rzeszy” (tzw. Sonderfahndungsbuch Polen). Na podstawie tej listy po rozpoczęciu działań wojennych dokonywano aresztowań polskiej inteligencji i polityków. Jeszcze przed wybuchem wojny przeprowadzono szereg akcji represyjnych wobec członków Związku Polaków w Niemczech.
Choć aresztowania i „prewencyjne” wysyłki do obozów koncentracyjnych zdarzały się już wcześniej, to dopiero w sierpniu 1939 r. członkowie Związku Polaków w Niemczech doświadczyli masowych aresztowań. W ostatnich dniach sierpnia w całych Niemczech aresztowano ponad 2000 najaktywniejszych polskich działaczy. Na Opolszczyźnie kilkuset. Po około dwutygodniowym pobycie w więzieniach w Koźlu, Strzelcach i Opolu większość aresztowanych przewieziono do niemieckich obozów koncentracyjnych w Buchenwaldzie, Sachsenhausen i Dachau.
Trzeba tu uściślić, że hitlerowskie Niemcy mieniły się być państwem prawa. Do obozów koncentracyjnych kierowano na podstawie przepisów zezwalających na czasowe odosobnienie osób mogących stanowić zagrożenie dla państwa. Dopiero w trakcie pobytu w obozie dokładnie prześwietlano działalność i poglądy uwięzionego i gdy winy były niewybaczalne, odbywał się proces, wydawano wyrok i jego wykonanie – więzienie lub śmierć.
Ponadto należy pamiętać, że w początkowej fazie wojny obozów koncentracyjnych nie kojarzono z zagładą lecz raczej z ciężkimi robotami, np. w kamieniołomach. Dopiero po pewnym czasie rozwinięto sposoby eksterminacji.
Członkom Związku Polaków w Niemczech zdarzało się wychodzić z obozów koncentracyjnych na wolność, zwykle jednak tylko po to by niezwłocznie być wcielonym do Wehrmachtu i trafić na front, Często jako żołnierze kompanii karnych, używani do najniebezpieczniejszych celów, jak rozminowywanie, usuwanie niewypałów czy budowa przepraw lub umocnień pod ostrzałem.
Wielu przetrwało w obozach całą wojnę. Ale większość straciła tam życie. Z Buchenwaldu nie wrócili m.in. Jacek Juliusz i Damian Planetorz.
Były też setki opolskich Polaków, którzy zaangażowali się w konspirację w ramach Organizacji Orła Białego, a potem Związku Walki Zbrojnej i Armii Krajowej. Pod koniec wojny w oparciu o dom działaczy ZPwN – rodziny Bortlów z Miejsca Odrzańskiego, działał oddział partyzancki, w którym ukrywali się zagrożeni aresztowaniem i dezerterzy z niemieckiej armii.
W efekcie dekonspiracji cała rodzina Bortlów została zesłana do obozów koncentracyjnych, a dezerter Rafał Bortel został publicznie rozstrzelany. Kryjówki partyzantów nikt nie wydał.
