Od 1943 r. w związku z aktywizacją partyzantki komunistycznej część formacji NSZ rozpoczęła jej zwalczanie, a w sytuacji wkraczania w głąb kraju oddziałów sowieckich powstał plan przemieszczenia się jednostek Narodowych Sił Zbrojnych w rejony kontrolowane przez zachodnich sojuszników. Władze NSZ krytykowały też ideę Powstania Warszawskiego (chociaż dowództwo NSZ, podobnie jak dowództwo AK, zakładało wybuch powstania powszechnego), jednak w obliczu jego rozpoczęcia podjęły wspólną walkę w jednostkami AK.
Najważniejszą formacją NSZ była Brygada Świętokrzyska powołana w sierpniu 1944 r. pod dowództwem kpt. Antoniego Dąbrowskiego-Szackiego „Bohuna”. W grudniu 1944 r. liczebność Brygady wynosiła 822 ludzi. W obliczu nadejścia Sowietów rozpoczęła marsz na południe i po wkroczeniu na teren okupowanej Czechosłowacji i uznaniu przez Amerykanów za część sił alianckich jako jedyna polska formacja II wojny światowej samodzielnie wyzwoliła niemiecki obóz koncentracyjny. 5 maja 1945 r. w Holiszowie Brygada Świętokrzyska uwolniła m.in. 200 Żydówek. Następnie, wspólnie z oddziałami USA, wzięła do niewoli sztab resztek XIII armii niemieckiej (w tym dwóch generałów). W dowód uznania Amerykanie pozwolili żołnierzom Brygady na noszenie oznak US Army.
Pod koniec 1944 r. przeważająca część formacji NSZ podporządkowała się Narodowej Organizacji Wojskowej, tworząc Narodowe Zjednoczenie Wojskowe, które organizowało akcje partyzanckie przeciwko armii sowieckiej, NKWD i UB, a także jednostkom UPA. Ostatnie oddziały NZW zwalczane przez władze komunistyczne prowadziły działania do połowy lat pięćdziesiątych.
Ci, którzy wpadli w ręce komunistycznego „wymiaru sprawiedliwości”, byli sądzeni w procesach pokazowych i tzw. procesach kiblowych. Wśród zamordowanych był ppłk Stanisław Kasznica, ostatni dowódca Narodowych Sił Zbrojnych. Dopiero w 1992 r. Sąd Warszawskiego Okręgu Wojskowego unieważnił wydany na niego przez władze komunistyczne wyrok śmierci. W uzasadnieniu czyny dowódcy NSZ uznano za działalność „na rzecz niepodległego bytu Państwa Polskiego”. Jego szczątki, pochowane w mundurze Wehrmachtu, odnaleziono w czasie prowadzonych przez IPN ekshumacji na wojskowych Powązkach w 2012 r.