Po wybuchu powstania, już pierwszego dnia cała Rakowiecka stała się terenem walk. Żołnierze z Obwodu Mokotów Armii Krajowej atakowali pozycje niemieckie od Pola Mokotowskiego do krańca arterii, gdzie mieściły się budynki koszar SS. W odwecie, oddziały SS i artyleria przeciwlotnicza ostrzeliwały ulicę Rakowiecką i budynki, gdzie mogli ukryć się powstańcy. Przechodnie, których wybuch powstania zastał w pobliżu klasztoru jezuitów, schronili się tam, nie mogąc wrócić do domów. Wieczorem 1 sierpnia na terenie klasztoru przebywało około 50 osób, wśród nich kobiety i 10-letni ministrant.

2 sierpnia do klasztoru wtargnął 20-osobowy oddział SS. Niemcy oskarżyli mieszkańców klasztoru, że stąd strzelano, i zaczęli przeszukania. Najpierw wyciągnęli z budynku i zastrzelili na Polu Mokotowskim przełożonego jezuitów - księdza Edwarda Kosibowicza, potem zgromadzili w jednym z pomieszczeń pozostałe osoby przebywające w klasztorze. SS-mani rozpoczęli egzekucję strzałami z karabinu maszynowego, wrzucili do pomieszczenia granaty, później dobijali rannych. W sumie zabili 40 osób.

Na Mokotowie 2 sierpnia Niemcy dopuścili się wielu masowych zbrodni. Żołnierze SS wymordowali około 600 osadzonych w więzieniu przy Rakowieckiej. Około 200-300 więźniom, świadkom zbiorowych egzekucji udało się pokonać strażników i uciec do miejsc kontrolowanych przez powstańców. Po kilkadziesiąt osób zostało wymordowanych w domach przy ulicach Rakowieckiej i Kazimierzowskiej. Kilkaset innych osób Niemcy przepędzili do Fortu Mokotów, po drodze mordując mieszkańców okolicznych ulic. Palili domy i masowo dopuszczali się zabójstw i gwałtów na ludności cywilnej.

W pierwszych dniach Powstania Warszawskiego, między 5 a 7 sierpnia, Niemcy wymordowali na Woli od 30 do 65 tysięcy mężczyzn, kobiet i dzieci. Ludzie ginęli na Ochocie, Starówce i w Śródmieściu. Dokładna liczba ofiar pozostaje nieznana. Historycy szacują, że podczas 63 dni Powstania Warszawskiego zginęło od 150 do 180 tysięcy mieszkańców Warszawy.

(więcej)

Po opuszczeniu przez Niemców klasztoru na Rakowieckiej 2 sierpnia, 14-tu osobom udało się wydostać spod ciał zabitych. Pięcioro ocalałych - czterech zakonników i kobieta - schroniło się w kuchni, pozostałych 9 osób schowało się w kotłowni. Niedługo po egzekucji Niemcy wrócili, oblali benzyną i podpalili salę, w której mordowali ludzi, ogień podłożyli także w innych miejscach klasztoru.

Zakonnicy i kobieta przebywający w kuchni klasztornej zdecydowali się na ucieczkę, która się powiodła. Ludzie ukrywający się w kotłowni pozostali na miejscu aż do 5 sierpnia. Wtedy to z klasztoru wyprowadziły ich sanitariuszki, z którymi przedostali się do rejonów zajętych przez siły powstańcze. Wiadomość o popełnieniu przez Niemców zbrodni w klasztorze przy Rakowieckiej szybko rozeszła się wśród mieszkańców Mokotowa.

Po pewnym czasie informacja dotarła też do więźniów przetrzymywanych w budynkach koszar SS, Stauferkaserne przy Rakowieckiej. Jeden z aresztantów, zakonnik Bruno Pawelczyk, podczas prac więziennych dostał się do oddziału sanitarnego, który miał zająć się pochówkiem zabitych. Przekonał innych członków grupy, żeby ciała pozostawić na miejscu zbrodni, a salę zamurować. Ta decyzja ułatwiła później badania oraz identyfikację zabitych.

Po wojnie otworzono miejsce kaźni w klasztorze. Zidentyfikowano 32 osoby spośród 40. Wszystkich pomordowanych złożono do czterech zbiorowych trumien, które umieszczono pod posadzką miejsca zbrodni. Pochowano tam także ekshumowane ciało zabitego na Polu Mokotowskim księdza Edwarda Kosibowicza oraz poległego na Nowym Mieście ojca Leonarda Hrynaszkiewicza. W dawnym miejscu kaźni powstała Kaplica Męczenników, którą odwiedzają przychodzący do sanktuarium św. Andrzeja Boboli.

Bestialskie traktowanie ludności polskiej przez okupanta nasiliło się po przekazaniu dowódcom niemieckim rozkazu Adolfa Hitlera, który nakazał zniszczenie Warszawy, oraz rozkazu Heinricha Himmlera, który już 1 sierpnia telefonicznie polecił dowódcom zabijanie wszystkich, według uznania. Oddziały niemieckie masowo mordowały uznanych za potencjalnie zdolnych do walki przeciw III Rzeszy. Rozkaz o eksterminacji ludności cywilnej został cofnięty 12 sierpnia, nadal jednak dochodziło do zbrodni.