Podczas II wojny światowej premier Mikołajczyk był jednym z najaktywniejszych działaczy polskich poza granicami okupowanego kraju. Zachowało się jego przemówienie z 6 czerwca 1944 roku, gdy rozpoczęła się inwazja wojsk alianckich w Normandii, w której brali udział polscy marynarze i żołnierze. W słynnym D-day, za pośrednictwem brytyjskiego radia, Stanisław Mikołajczyk zwrócił się z apelem do rodaków na wszystkich frontach, aby walczyli za Polskę.
Na zakończenie powiedział: "Niech Was prowadzi Bóg, Honor, Ojczyzna".
Jako premier, Mikołajczyk zabiegał o porozumienie ze Związkiem Radzieckim w kwestii polskiej granicy wschodniej, nie mając świadomości, że decyzje w tej sprawie zapadły wcześniej w Teheranie, bez udziału Polski. Jednocześnie w rządzie emigracyjnym tworzyła się coraz silniejsza opozycja wobec premiera. Ostateczne niepowodzenie linii politycznej Mikołajczyka nastąpiło wraz z wybuchem Powstania Warszawskiego. Na przełomie lipca i sierpnia 1944 roku premier udał się do Moskwy, i tam, bezskutecznie zabiegał u Stalina o pomoc dla powstania. I tam też, w październiku dowiedział się od Mołotowa, w obecności Stalina oraz brytyjskiego premiera Winstona Churchilla, o porozumieniu teherańskim. W tej sytuacji, 24 listopada Mikołajczyk złożył dymisję. Pięć dni później premierem rządu londyńskiego został Tomasz Arciszewski.
Stanisław Mikołajczyk był ostrzegany przez innych polityków przed bezcelowością i niebezpieczeństwem układania się z Sowietami, między innymi w rozmowie z generałem Władysławem Andersem w lutym 1945 roku. Jednak, za sugestią Churchilla, zdecydował się w kwietniu 1945 wystosować oficjalne oświadczenie o uznaniu, niekorzystnych dla Polski, ustaleń konferencji jałtańskiej.
Kilka dni później potwierdził, na prośbę Stalina, akceptację linii Curzona jako wschodniej granicy RP. W czerwcu 1945-go Mikołajczyk brał udział w konferencji moskiewskiej, na której powołano marionetkowy Tymczasowy Rząd Jedności Narodowej. W tym samym czasie w Moskwie trwał proces 16 przywódców Polskiego Państwa Podziemnego, podstępnie porwanych przez NKWD i skazanych pod fałszywymi zarzutami przez stalinowski sąd na surowe kary więzienia.
28 czerwca ogłoszono skład nowego gabinetu - Mikołajczyk był w nim wicepremierem i ministrem rolnictwa. 5 lipca Tymczasowy Rząd Jedności Narodowej został uznany przez zwycięskie mocarstwa, które zerwały stosunki dyplomatyczne z rządem RP na uchodźstwie.
(więcej)
Stanisław Mikołajczyk wrócił do kraju, a kierowane przez niego w latach 1946-1947 PSL stało się silną partią opozycyjną. Jednak po sfałszowanym przez komunistów referendum w 1946 roku, a rok później także sfałszowanych wyborach, zagrożony aresztowaniem, opuścił kraj. Zamieszkał w Stanach Zjednoczonych, był aktywnym politykiem na wygnaniu, występował w Radiu Wolna Europa. W 1947 roku został pozbawiony przez Sejm PRL obywatelstwa polskiego, przywrócono mu je dopiero w 1989-tym. Do końca życia był obserwowany przez komunistyczne tajne służby.
Zmarł 13 grudnia 1966 roku w Waszyngtonie. W 2000 roku jego prochy sprowadzono do Polski i pochowano na Cmentarzu Zasłużonych Wielkopolan w Poznaniu. W tym samym roku pośmiertnie uhonorowano go Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski - Polonia Restituta.
Rząd na uchodźstwie działał w latach 1939-1990, i stanowił legalną kontynuację władz II RP, po agresji na Polskę III Rzeszy i Związku Sowieckiego. Siedzibą rządu był Paryż, potem Londyn, stąd bywa nazywany "rządem londyńskim".
Do 5 lipca 1945 roku był uznawany na arenie międzynarodowej, później akceptację zyskał komunistyczny rząd w kraju. Ostatnim premierem rządu na uchodźstwie był Edward Szczepanik, prezydentem RP na uchodźstwie - Ryszard Kaczorowski, który w grudniu 1990 roku, na Zamku Królewskim w Warszawie przekazał insygnia prezydenckie II Rzeczypospolitej prezydentowi Lechowi Wałęsie, wybranemu w pierwszych po wojnie wyborach powszechnych. Ryszard Kaczorowski zginął w katastrofie smoleńskiej w 2010 roku.