Jan Kowalczys urodził się 27 października 1927 roku w Rakliszkach. W 1944 roku złożył przysięgę wojskową. Działał w okręgu nowogródzkim, służył w 77. pułku piechoty Armii Krajowej jako rusznikarz, łącznik przy dowódcy 2 kompanii rezerwowej. Mając niecałe 17 lat, w sierpniu 1944 roku został aresztowany przez NKWD. W trakcie śledztwa przeszedł tortury. Został skazany na dziesięć lat pozbawienia wolności oraz pięć lat pozbawienia praw publicznych i zesłany na Sybir.

Do 1950 roku był więźniem obozów najpierw w Lidzie, Mińsku i Orszy, a potem w Mołotowsku przy kole podbiegunowym nad Morzem Białym. Przymusowo uznany za obywatela ZSRS, został karnie osiedlony w nazywanym piekłem północy Norylsku. Do Polski wrócił w wieku 30 lat - w 1957 roku. Przez kolejne trzydzieści lat, do emerytury, pracował w PKP jako maszynista.

"Dziennik Bałtycki" przypomina, że za zasługi dla niepodległości Rzeczypospolitej Polskiej Jan Kowalczys otrzymał liczne odznaczenia. W 1948 roku za szczególnie sumienną służbę w czasie wojny został wyróżniony przez Rząd Polski w Londynie Medalem Wojska. Dwukrotnie był odznaczony Krzyżem Armii Krajowej, a także Krzyżem Partyzanckim, Krzyżem Sybiraka i Odznaką Pamiątkową "Akcji Burza". Zarząd Główny Stowarzyszenia Polskich Kombatantów w Wielkiej Brytanii decyzją z 29 maja 2020 roku - w uznaniu bohaterskiej postawy w walce z najeźdźcami oraz wybitnych zasług położonych dla realizacji celów Stowarzyszenia Polskich Kombatantów - wyróżnił Jana Kowalczysa Kombatanckim Krzyżem Zasługi.

W styczniu 2021 roku prezydent Andrzej Duda odznaczył weterana Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski. Do stopnia kapitana Jan Kowalczys został awansowany decyzją Ministra Obrony Narodowej z 5 maja 2020 roku.