Na tych samych mistrzostwach Rutkowski zdobył również srebrny medal w drużynie wspólnie z Kamilem Stochem, Stefanem Hulą i Dawidem Kowalem.

Po sezonie 2004/2005 został wykluczony z kadry narodowej z powodu problemów z nadwagą, dyscypliną i alkoholem. Po raz ostatni w zawodach FIS zaprezentował się w 2006 roku, zajmując 32. pozycję w Letnim Pucharze Kontynentalnym w Velenje.

Mateusz Rutkowski zmarł 7 stycznia. Miał 37 lat.