Jego edukację muzyczną rozpoczął ojciec, który przekazawszy synowi muzyczne podstawy, na dalsze nauki wysłał go do Wrocławia. Tam przyszły kompozytor uczył się pod okiem znanego wrocławskiego pianisty i konstruktora fortepianów Carla Schnabela, wkrótce podjął także pracę organisty we wrocławskim kościele świętego Macieja, gdzie do dziś znajduje się tablica poświęcona jego pamięci.

W roku 1845 odbył pierwszą podróż do Królestwa Polskiego, gdzie podjął pracę nauczyciela gry na fortepianie w jednym z wiejskich majątków. W roku 1850 na dwa lata wyjechał do Berlina, gdzie także pracował jako nauczyciel muzyki i dawał pierwsze koncerty. W roku 1853 na stałe osiadł w Warszawie skąd odbywał wyjazdy koncertowe do licznych polskich miast na czele ze Lwowem, Poznaniem i Wilnem, wyjeżdżał także koncertować do Kijowa, na Wołyń, do Raciborza, Opola, Legnicy, Wrocławia, a nawet do Paryża.

W roku 1869 został profesorem Instytutu Muzycznego w Warszawie, gdzie uczył śpiewu i gry na fortepianie. Równocześnie oddawał się pracy publicystycznej w charakterze recenzenta muzycznego na łamach czasopism „Kurier Codzienny” i „Kłosy”.

Muzykolodzy podkreślają, iż Emanuel Kania w swoich kompozycjach pozostawał pod silnym wpływem twórczości Fryderyka Chopina. Tworzył głównie tzw. muzykę salonową, która cieszyła się wielkim powodzeniem u publiczności, a jego polonezy i mazury należą do utworów współcześnie nadal chętnie grywanych.

Pozostawił po sobie wiele utworów takich jak romanse, nokturny, walce i etiudy. Napisał także muzykę do wodewilu Jana Kantego Gregorowicza pt. „Werbel domowy. Obrazek wiejski”, a także szereg pieśni.

Emanuel Kania zmarł 16 marca 1887 roku, pochowano go na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie.