Już w półtora roku później 21 listopada 1920 roku wydał zarządzenie o tym jak powinni się zachowywać księża w okresie plebiscytu. Akt ten zakazywał księżom wszelkiej działalności politycznej bez zgody miejscowych proboszczów, co odebrano jako zarządzenie antypolskie, bo proboszczami w diecezji wrocławskiej, do której należała wówczas cała rejencja opolska byli głównie Niemcy.

Zarządzenie biskupa oprotestowali polscy księża, którzy złożyli kilkakrotnie noty protestacyjne na ręce papieskiego delegata przy Międzysojuszniczej Komisji Rządzącej i Plebiscytowej nuncjusza Achille Rattiego. Nuncjusz wszystkie protesty pozostawił bez odpowiedzi. Podobnie jak udokumentowane przykłady nacisków duchownych na polską ludność by głosowała za Niemcami.

W efekcie dosłownej lawiny protestów nuncjusz Achille Ratti został odwołany z Opola. Na jeg miejsce przybył kardynał Jean Babtist Ogno Serra, który 21 grudnia 1920 roku formalnie uchylił zarządzenie kardynała Bertrama. Faktycznie jednak zmiana polegała na tym, że zamiast proboszcza zgody na działalność propagandową miał udzielać osobiście komisarz kościelny czyli kardynał Ogno Serra.

Nowy komisarz w swoim orędziu wydanym w czerwcu 1921 roku potępił III powstanie śląskie i nazwał księży biorących udział w powstaniu bandytami.

Nowy komisarz kościelny podobnie jak jeg poprzednik pozostawił bez odpowiedzi skargi na prześladowania polskich księży na terenie całej rejencji opolskiej. Tymczasem ponad 60 z nich w wyniku różnego rodzaju nacisków i napaści musiało opuścić wówczas swoje parafie i ratować się ucieczką do Polski.

Warto dodać, że kardynał Bertram pod koniec swego życia zmienił swój stosunek do Polaków. Już w okresie II wojny światowej kilkakrotnie ujmował się wobec hitlerowskich władz za polskimi robotnikami przymusowymi, a także napominał niemieckich księży, że nie wolno im odmawiać przyjęcia spowiedzi w języku polskim.