Pełnił funkcję szefa Biura Informacji i Propagandy Komendy Głównej AK. Był przeciwnikiem mianowania gen Bora-Komorowskiego dowódcą Armii Krajowej. W Powstaniu Warszawskim pełnił funkcję Delegata Sił Zbrojnych na Kraj. Po kapitulacji powstania trafił do stalagu Lamsdorf w Łambinowicach, a następnie przewieziony został do Oflagu II C Woldenberg.

Po powrocie do Warszawy w marcu 1945 roku objął funkcję zastępcy komendanta antysowieckiej organizacji „NIE”. Utraciwszy wiarę w sens dalszej walki zbrojnej z sowietami w sierpniu 1945 roku rozwiązał Delegaturę Sił Zbrojnych na Kraj a w jej miejsce powołał Zrzeszenie „Wolność i Niezawisłość”, które miało zająć się przede wszystkim walką propagandową i polityczną. Aresztowany 5 listopada 1945 roku uwierzył w gwarancje nietykalności i wydał bezpiece wszystkich swoich współpracowników oraz wszystkie zasoby odziedziczone po Armii Krajowej, w tym milion dolarów w złocie i banknotach, drukarnie, archiwa i radiostacje.

Dla bezpieki był nieocenionym źródłem informacji, któremu nikt nie zamierzał dotrzymywać słowa łagodnego traktowania ujawnionych podkomendnych. Skazany na 8 lat więzienia, został ułaskawiony przez Bolesława Bieruta i wypuszczony na wolność. Dwa lata później został ponownie aresztowany i na pięć lat uwięziony. Pułkownik Jan Rzepecki zmarł 28 kwietnia 1983 roku w Warszawie.