Urodził się w 1878 roku we wsi Wierzchosławice w powiecie tarnowskim. W 1907 roku wstąpił do koła PSL „Piast”, w latach 1927-1931 był członkiem Rady Naczelnej PSL. W roku 1928, na przekór bratu, przeszedł do obozu sanacyjnego i współpracował z nim do wybuchu drugiej wojny światowej. Wincenty Witos potraktował współpracę brata z sanacją jak zdradę, za którą Andrzej Witos został usunięty z PSL.

Po wybuchu wojny, jesienią 1939 roku, jako przedwojenny prezes Związku Osadników z Województwa Tarnopolskiego Andrzej Witos został aresztowany przez władze radzieckie i wywieziony do Autonomicznej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej Komi. Tam w grudniu 1940 roku znów został aresztowany i skazany wraz z synem Tadeuszem na śmierć. Przed straceniem uratował go dekret o tak zwanej amnestii dla Polaków, wydany po podpisaniu układu Sikorski-Majski.

W latach 1942-1943 był pracownikiem ambasady polskiej w ZSRR i organizował opiekę nad ludnością polską w Azerbejdżanie. W 1943 roku władze radzieckie unieważniły mu obywatelstwo polskie.

Po wojnie należał do Polskiego Stronnictwa Ludowego pod kierownictwem Stanisława Mikołajczyka,w latach 1945-49 był członkiem Rady Naczelnej PSL. Od 1949 był członkiem Zjednoczonego Stronnictwa Ludowego. Jednocześnie, w latach 1945-1950, stał na czele Oddziału Wojewódzkiego Państwowego Urzędu Repatriacyjnego w Łodzi.