Jan Wężyk urodził się w Wężykowej Woli - siedzibie rodu Wężyków w Ziemi Łowickiej. Studiował teologię, m.in. w kolegium jezuickim w Kaliszu oraz w Rzymie.

Po powrocie do Polski rozpoczął szybka karierę w strukturach Kościoła Katolickiego: był archidiakonem lubelskim, kanonikiem krakowskim, prepozytem sandomierskim, opatem komendatoryjnym mogilskim oraz archidiakonem warszawskim. Ponadto był sekretarzem króla Zygmunta III Wazy.

W r. 1619 został biskupem przemyskim, w pięć lat później przeniesiono go na biskupstwo poznańskie, a w roku 1627 został arcybiskupem gnieźnieńskim i prymasem Polski.

Zwołane przez niego dwa synody opracowały 22 statuty opisujące zasady ewangelizacji wiernych i funkcjonowania duchowieństwa w Polsce. Wydano je jako Synodus provincialis Gnesnensis A.D. 1628 die 22 mai celebrata.

W latach 1632-33 przez blisko rok (z urzędu jako prymas) pełnił funkcję Interrexa - regenta pełniącego obowiązki króla do czasu koronacji kolejnego władcy.
W lutym 1633 r. zakończył tę misję koronując Władysława IV.

Arcybiskup Jan Wężyk zmarł w r. 1638. Pochowano go w Łowiczu.