Szymon Pistorius urodził się około roku 1565 w Opolu śląskiej luterańskiej kupieckiej rodzinie wywodzącej się z Brzegu. Po studiach na jednym z niemieckich uniwersytetów powrócił na Śląsk by objąć posadę pastora polskiej gminy luterańskiej w Tarnowskich Górach. Z tego okresu pochodzą informacje o jego zatargach z pastorem tamtejszej gminy niemieckiej, który skłaniał się ku kalwinizmowi.

Zniecierpliwiona kłótniami obu pastorów rada miejska tarnowskich gór złożyła przeciwko nim pozew w sądzie diecezji luterańskiej w Karniowie. W efekcie całego zamieszania Pistorius przeniósł się do Krapkowic, gdzie objął posadę nauczyciela, a od roku 1592 także diakona w tamtejszej gminie luterańskiej.

Poszukując właściwej interpretacji ciągle ewoluującego ruchu protestanckiego nawiązał kontakt z ariańskim myślicielem Faustem Socynem. Pod jego wpływem Pistorius został arianinem i dla wyznania tego zaczął pozyskiwać kolejnych protestantów. Wśród nich był krapkowicki mieszczanin Tomasz Gejżanowski, z którym Pistorius w początkach maja 1603 roku przyjechał na ariański synod do Rakowa.

Wkrótce potem przeniósł się na stałe do Polski by objąć urząd ministra zboru ariańskiego w Czarkowach nad Nidą. W tym czasie korzystał z mecenatu tamtejszego szlachcica Hieronima Moskorzowskiego, któremu odwdzięczał się pisząc wiersze o nim i jego rodzinie. Równocześnie pełnił funkcję scholara i wykładowcy w ariańskiej akademii w Rakowie, gdzie wkrótce kupił dom.

W Rakowie właśnie stoczył Szymon Pistorius dwie słynne dysputacje z ministrem kalwińskim Danielem Clementinusem.

Ostatnią historyczną wzmianką o Pistoriusie jest informacja, że w roku 1638 poprosił synod ariański o przeniesienie do innego zboru, bo ze względu na starość i liczne choroby nie jest w stanie godzić pracy w parafii w Czarkowach z pracą w akademii. Synod jednak odrzucił tę prośbę. Zapewne wkrótce potem Szymon Pistorius zmarł i zgodnie ze zwyczajem pochowany został obok kościoła w Czarkowach.