Rozpoczęty 11 października 1962 roku Sobór Watykański II dokonał przełomowych reform w konserwatywnej z zasady instytucji Kościoła. Trzeba sobie uczciwie powiedzieć, że przywołany tu konserwatyzm bynajmniej nie jest wadą, ale jednym z warunków przetrwania organizacji przez wieki, czego najlepszym przykładem jest przetrwanie kultury żydowskiej mimo blisko 2000 lat braku państwowości i prześladowań.

Właśnie zbyt daleko idące reformy były podstawowym powodem krytyki soboru watykańskiego II w łonie Kościoła. Celem zwołania soboru było uwspółcześnienie Kościoła Katolickiego, czego potrzebę odczuwał papież Jan XXIII i związane z nim reformatorskie środowisko, w którym ważną postacią był późniejszy papież, a wówczas krakowski biskup pomocniczy Karol Wojtyła, który był autorem licznych dokumentów wstępnych, nad którymi pracowano podczas soboru.

We wszystkich sesjach soboru brał udział także biskup Franciszek Jop, wówczas pełniący w Opolu funkcję specjalnego delegata prymasa Polski z uprawnieniami biskupa rezydencjonalnego. Trzeba bowiem pamiętać, że wówczas jeszcze nie istniała diecezja opolska a jedynie tzw. administracja apostolska.

Po zakończeniu soboru biskup Franciszek Jop jako członek Rady Głównej Episkopatu Polski otrzymał zadanie koordynacji wprowadzania w życie uchwalonych tam reform liturgicznych.

Najważniejszymi nowościami posoborowymi było otwarcie się Kościoła Katolickiego na dialog z innymi religiami oraz reforma liturgii, w efekcie której wszechobecną od 2000 lat łacinę zastąpiono językami narodowymi, a przeprowadzone po soborze zmiany w liturgii wielu uznało za protestantyzację Kościoła katolickiego. Z kolei moderniści krytykują reformy soborowe za to, że skruszyły zbyt mało kościelny monolit i nie zdołały wprowadzić do instytucji kościelnych demokracji.

Sobór watykański zakończył się 8 grudnia 1965 roku, już za rządów papieża Pawła VI.