Właśnie w roku 1575 czescy innowiercy czyli: luteranie, nowoutrakwiści i bracia czescy powołali wspólne wyznanie wiary zwane czeską konfesją. Z teologicznego punktu widzenia trzonem konfesji były przekonania husytów, ale uzupełnione o poprawki luteran i braci czeskich.
W tym okresie katolicy stanowili w Czechach tylko 15 proc. mieszkańców, ale religia ta była rodzajem gwarancji istnienia cesarstwa Habsburgów, toteż w ostatnich latach XVI wieku to katolicy obejmowali najwyższe urzędy w państwie. Z katolicyzmem sympatyzowali królowie czeski i węgierski oraz cesarz Rudolf II, który w roku 1604 ogłosił, że katolicyzm jest jedynym dozwolonym wyznaniem na Węgrzech.
Wywołało to wybuch powstania, na którego czele stanął siedmiogrodzki szlachcic Stefana Bocskay. Pod jego dowództwem powstańcza armia wkroczyła na teren czeskiego królestwa. Zapoczątkowało to pasmo wojen o charakterze religijnym. Węgierscy powstańcy nie znalazłszy poparcia w Czechach zmuszeni zostali do wycofania się na Węgry.
W roku 1606 pod wrażeniem zagrożenia najazdem tureckim Habsburgowie zawarli pokój z Bocskay'em. Jednak cesarz Rudolf II nie chciał podpisać traktatu, który oznaczał wycofanie się z wcześniejszego zarządzenia, toteż zamiast niego swój podpis na dokumencie pokojowym złożył jego brat arcyksiążę Maciej Habsburg.
Zachęcony politycznym powodzeniem Maciej zaczął szukać sposobu na pozbawienie brata tronu i zajęcie jego miejsca. W latach 1607–1608 zyskał poparcie stanów austriackich, węgierskich i morawskich dla idei detronizacji Rudolfa.
I tym razem Rudolf zachował tron dzięki postawie Czechów. W kwietniu 1608 r. Maciej na czele armii swoich stronników wkroczył do Czech. W jego imieniu przywódca morawskiej opozycji Karel starszy z Žerotína wezwał stany czeskie do poparcia arcyksięcia. Jednak czescy protestanci odmówili, bo Rudolf II obiecał spełnić ich żądania wprowadzenia swobody religijnej.
Zmusiło to Macieja do zawarcia z bratem pokoju. Układ zawarto w Libni koło Pragi. Arcyksiążę Maciej wynegocjował dla siebie władzę nad Węgrami, Morawami i Austrią. Rudolf zatrzymał Czechy, Dolne i Górne Łużyce oraz Śląsk.
