Lucjan Feliks Malinowski urodził się 27 maja 1839 roku w Jaroszewicach na Lubelszczyźnie. W roku 1867 ukończył studia na wydziale filologiczno-historycznym Szkoły Głównej w Warszawie. Następnie skorzystał ze stypendium, które pozwoliło mu na uzupełnienie studiów na uczelniach w Berlinie, Jenie, Lipsku, Moskwie i Petersburgu.
Wkrótce potem w roku 1869 odbył długą podróż studyjną po Śląsku, podczas której prowadził badania nad śląskimi dialektami i różnicami gwarowymi. W tym celu odwiedził ponad sto miejscowości na Śląsku, gdzie dotarł w okolice Głubczyc na Zachodzie i Kluczborka na północy.
Oprócz notatek językoznawczych prowadził rejestr zasłyszanych opowieści i bajek ludowych. Wyniki swych badań opracował w ramach poświęconej dialektologii pracy doktorskiej zatytułowanej „O dialekcie Opolskim na Górnym Śląsku”, którą obronił w roku 1873 na uniwersytecie w Lipsku. Praca ta eksponowała słowiański rodowód śląskiej gwary i był to pierwszy w dziejach naukowy opis gwary polskiej na Śląsku.
Od roku 1870 Lucjan Malinowski osiadł na stałe w Krakowie, gdzie uczył języka polskiego i języków klasycznych w gimnazjum św. Anny. W roku 1876 uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego Uniwersytetu Jagiellońskiego, a w rok później objął na tej uczelni kierownictwo Katedry Filologii Słowiańskiej. W tym samum roku został przyjęty w poczet członków krakowskiej Akademii Umiejętności. W kolejnych latach pełnił funkcję dziekana wydziału filozoficznego oraz rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Lucjan Feliks Malinowski zmarł 15 stycznia 1898 roku w Krakowie.