Pomysł zorganizowania muzeum upamiętniającego powstania śląskie pojawił się podczas obchodów czterdziestej rocznicy III Powstania Śląskiego w 1961 roku. Lokalizacja nie była przypadkowa, bo właśnie Góra Świętej Anny była widownią najkrwawszych walk III powstania śląskiego i stała się symbolem walki o powrót Śląska do odrodzonej po rozbiorach Polski.
Muzeum Czynu Powstańczego zorganizowano jako wyspecjalizowany oddział Muzeum Śląska Opolskiego w Opolu. Uroczyste otwarcie placówki odbyło się 19 lipca 1964 roku
Pierwotnie muzeum zlokalizowano w XIX-wiecznym budynku szkoły w Leśnicy, który w trakcie III Powstania Śląskiego był przez pewien czas miejscem postoju dowództwa Katowickiego Pułku Powstańczego im. Józefa Piłsudskiego.
W roku 1980 placówkę przeniesiono do nowej, obecnej siedziby. To również miejsce związane z walką o polskość śląska, bowiem obecna siedziba muzeum to przedwojenny „Dom Polski” zwany również „Domem Pod Chełmskim Wierchem”. Budynek ten wraz z przyległym gruntem został w roku 1936 zakupiony przez Bank Słowiański w Berlinie, który oddał go do dyspozycji Związkowi Polaków w Niemczech. Do 1939 roku odbywały się tu zjazdy organizacji polskich, obozy harcerskie i kolonie zuchowe Związku Harcerstwa Polskiego w Niemczech.
W czasie II wojny światowej w sąsiedztwie budynku Niemcy założyli obóz pracy dla Żydów, a w budynku „Domu Polskiego” umieścili jego komendę.
Zbiory muzeum to blisko 2,5 tys. eksponatów dotyczących powstań śląskich oraz plebiscytu na Górnym Śląsku. Są to m.in. pamiątki po powstańcach, sztandary bojowe, pisemne rozkazy oraz druki plebiscytowe i powstańcza broń. Ponadto muzeum propaguje wiedzę o działalności Związku Polaków w Niemczech i Związku Harcerstwa Polskiego w Niemczech w okresie XX-lecia międzywojennego.
