Od 1911 roku organizował kursy instruktorskie i zakładał pierwsze na ziemiach polskich drużyny wzorowane na skautingu brytyjskim. Model pracy z młodzieżą autorstwa Roberta Baden-Powella promował idee braterstwa i wzajemnej pomocy, odwagi oraz odpowiedzialności. W Polsce, będącej wówczas jeszcze pod zaborami, idee te miały wymiar patriotyczny. Andrzej Małkowski ujął istotę polskiego ruchu w słowach: "Harcerstwo to skauting plus niepodległość".

Współtworzył pierwszą Komendę Skautową, a potem Naczelną Komendę Skautową we Lwowie. Redagował pismo "Skaut", które szybko zyskało popularność. Proponował uczestnictwo w ruchu harcerskim młodzieży z różnych warstw społecznych. Dla wielu młodych ludzi była to szansa na poprawę losu, porzucenie nałogów, odejście od chuligaństwa czy drobnej przestępczości na rzecz takich wartości jak wzajemna pomoc, prawość, odwaga, walka o niepodległość Polski.

Drużyny skautowe powstawały w wielu miastach na ziemiach polskich. W czerwcu 1913 roku polscy skauci spod trzech zaborów wystąpili pod jedną biało-czerwoną flagą na zlocie skautowym w Birmingham. Na oznaczenie ich obozowiska polskimi barwami narodowymi zgodził się - przekonany przez Małkowskiego - sam lider skautingu Robert Baden-Powell, choć Polski nie było wówczas na mapach świata.

Przed wybuchem I wojny światowej Andrzej Małkowski organizował polski ruch harcerski i jednocześnie działał w konspiracji niepodległościowej.

Zginął w katastrofie morskiej w nocy z 15 na 16 stycznia 1919 roku.