Aresztowanych przewieziono do Gdańska, a następnie osadzono w twierdzy magdeburskiej, gdzie przebywali do listopada 1918 r.

Równolegle Niemcy rozpoczęli aresztowania legionistów, którzy odmówili złożenia przysięgi (zob. 9 lipca 1917 r.), internując ich w obozach odosobnienia (oficerów w Beniaminowie, podoficerów i szeregowców w Szczypiornie) lub wcielając przymusowo do armii austriackiej i wysyłając na front włoski. W odezwie skierowanej do społeczeństwa żołnierze 5. Pułku Piechoty Legionów legioniści napisali: Za stałą wierność idei – jedziemy do obozu jeńców. Jedziemy dumni ze spełnionego obowiązku i jesteśmy pewni, że tak nas zrozumiecie.

Wiemy, że poza bandą pruskich pachołków i sprzedawczyków, stoi jeden wielki Naród – Naród który łącznie z nami, wkrótce znów podejmie walkę z bronią w ręku o wolność i niepodległość Ojczyzny. Wiemy, że postępowanie nasze jest wynikiem woli całego Narodu i że tej woli jak dotychczas, tak w przyszłości, zawsze się podporządkujemy i dlatego też jedziemy weseli i ufni w potęgę czystej sprawy.

Polska Organizacja Wojskowa wypowiedziała posłuszeństwo Tymczasowej Radzie Stanu i przeszła do całkowitej konspiracji.