Podczas kampanii wrześniowej 1939 roku walczył w obronie Warszawy. Był dowódcą 1. kompanii i zastępcą dowódcy 5. zmotoryzowanego batalionu saperów. Ranny, dostał się do niewoli niemieckiej. Po ucieczce z obozu jenieckiego w Radomiu, powrócił do Warszawy.
Od grudnia 1939 działał w konspiracji, w Związku Walki Zbrojnej. Początkowo należał do tak zwanego Sztabu Dywersji, a od sierpnia 1940 dowodził batalionem saperów miasta stołecznego Warszawy. Dodatkowo w czerwcu 1942 roku objął dowództwo Związku Odwetu Okręgu Warszawskiego AK.
Od listopada 1942 roku kapitan Jerzy Antoni Lewiński był organizatorem i dowódcą Kedywu (Kierownictwa Dywersji) Okręgu Warszawa AK. Odpowiadał za wiele akcji zbrojnych Związku Odwetu i Kedywu, w tym głośną akcję "Wieniec” przeciwko niemieckiemu transportowi kolejowemu, przeprowadzoną w październiku 1942. W tym samym czasie zostały wysadzone tory kolejowe w ośmiu miejscach Warszawskiego Węzła Kolejowego. Ponadto uczestniczył osobiście między innymi w akcji "Getto”, podczas której AK udzielała zbrojnej pomocy żydowskim powstańcom z getta. W maju 1943 roku wyraził zgodę na przeprowadzenie przez Jana Krysta "Alana" akcji bojowej w kawiarni "Adria", podczas której zastrzelono trzech oficerów gestapo.
6 listopada 1943 major Lewiński został aresztowany i 18 dni później zamordowany przez Niemców.
Po śmierci oznaczono go Srebrnym Krzyżem Zasługi.
(więcej)
Jerzy Antoni Lewiński uczył się w Szkole Podchorążych Piechoty w Ostrowi i Szkole Podchorążych Inżynierii w Warszawie. Następnie, w latach 1933-1934, odbył kurs dla instruktorów Wychowania Fizycznego w Centralnym Instytucie WF w Warszawie, a cztery lata później rozpoczął studia w Wyższej Szkole Inżynierii.
Od 1930 był oficerem instruktorem w 5. batalionie saperów. W 1933 roku został oficerem WF. Jednocześnie od 1935 był adiutantem, a od 1937 oficerem do spraw wyszkolenia 5. batalionu saperów. W tym samym roku objął funkcję kierownika WF w Centrum Wyszkolenia Saperów.
Podczas kampanii wrześniowej 1939 roku walczył w obronie Warszawy. W czerwcu 1943 roku został mianowany majorem służby stałej.
Po śmierci Jerzego Antoniego Lewińskiego w listopadzie 1943 roku, jego następca Józef Rybicki w jednym ze sprawozdań Kedywu Okręgu Warszawa pisał o wstrząsie, jakiego doznał Kedyw po stracie komendanta: "Zabrakło (...) jego fachowych wiadomości, doświadczenia, umiejętności doboru i kierowania ludźmi. (...) To, że Kedyw Okręgu po stracie jego poszedł bez zahamowania naprzód, jest jego niezaprzeczalną zasługą. Stworzył on fundamenty, na których jego następca mógł oprzeć swoją dalszą pracę”.