Na przełomie maja i czerwca 1941 roku NKWD wywiozło w głąb ZSRR około 30 tysięcy Polaków, głównie mieszkańców Litwy i republik nadbałtyckich, a także Białostocczyzny, Wileńszczyzny i Grodzieńszczyzny. Zostali rozmieszczeni w Ałtajskim i Krasnojarskim Kraju, Kazachskiej SRR, obwodzie nowosybirskim oraz dorzeczu Katuni i Biji. Śmiertelność wśród zesłańców była bardzo wysoka. Tylko nielicznym udało się przeżyć i wrócić po wojnie do ojczyzny.

Deportowani mieli prawo zabrania ze sobą odzieży, naczyń, żywności, drobnego sprzętu, pieniędzy i przedmiotów wartościowych, nie więcej niż 500 kilogramów na rodzinę. W rzeczywistości jednak, dowodzący akcją oficer NKWD dawał kilkanaście minut na zabranie tylu rzeczy, ile dana osoba mogła unieść.

Ludzie byli wiezieni na Wschód w wagonach towarowych, w których stłoczono od 30 do 50 osób. W drodze brakowało żywności i wody, szerzyły się choroby, szczególnie wśród dzieci. Niektóre transporty w 1941 roku były bombardowane przez Niemców, po ataku III Rzeszy na ZSRR (22 czerwca 1941). Deportowanym w czwartej wywózce władze sowieckie nadały status zesłanych na osiedlenie na 20 lat. Oznaczało to, że w rejonach osiedlenia mieli pewną swobodę w wyborze miejsca zamieszkania i zatrudnienia, podlegali natomiast systematycznej kontroli NKWD. Samowolne opuszczenie miejsca zesłania było traktowane jako przestępstwo.

Łącznie w latach 1940-1941 władze sowieckie przeprowadziły cztery wielkie wywózki ze wschodniej Polski: w lutym, kwietniu i czerwcu 1940 roku oraz pod koniec maja 1941-go, oficjalnie nazwane "przesiedleniem". Ich celem była depolonizacja Kresów Wschodnich i sowietyzacja ludności mieszkającej na terenach zagarniętych Polsce w 1939 roku. W sumie, według szacunków władz RP na emigracji, w wyniku wywózek w latach 1940-1941 do syberyjskich łagrów trafiło około miliona osób cywilnych. Dane z dokumentów sowieckich to 320 tysięcy wywiezionych. Historycy z Instytutu Pamięci Narodowej oceniają liczbę deportowanych na 800 tysięcy osób. Badający te zagadnienia podkreślają, że dokumenty NKWD nie uwzględniają osób skazanych w trybie doraźnym oraz tych, którzy nie zostali zarejestrowani.

Niektórzy z deportowanych na wschód wydostali się z łagrów, dzięki formowanej na terenie ZSRR armii generała Władysława Andersa, po zawarciu 30 lipca 1941 roku układu Sikorski-Majski. Katorga wielu zesłanych nie zakończyła się po ustaniu działań wojennych, sowieci odmawiali prawa powrotu do Polski mieszkańcom regionów, które po 1945 roku zostały włączone do Związku Radzieckiego. W paszportach wpisywano im narodowość białoruską, ukraińską bądź litewską, i zmuszano do pozostania w ZSRR.