Delegatura Rządu na Kraj była konspiracyjnym krajowym przedstawicielstwem rządu RP na uchodźstwie, jedną z najważniejszych agend pionu cywilnego Polskiego Państwa Podziemnego. Organizowała administrację cywilną oraz przygotowywała rządowi warunki do objęcia władzy w wyzwolonej Polsce.


Delegatura dzieliła się na departamenty odpowiadające przedwojennym ministerstwom i urzędom centralnym: Spraw Wewnętrznych, Informacji i Prasy, Pracy i Opieki Społecznej oraz Oświaty i Kultury, Przemysłu i Handlu, Rolnictwa, Sprawiedliwości, Likwidacji Skutków Wojny, Robót Publicznych i Odbudowy, Obrony Narodowej, Skarbu i Spraw Zagranicznych, Poczty i Telegrafów oraz Komunikacji. Przy Delegaturze Rządu na Kraj w 1942 r. powstała Rada Pomocy Żydom „Żegota”. Od 1942 r. działało również Biuro Ziem Nowych przygotowujące się do objęcia w posiadanie ziem na zachód od granicy II RP. Ponadto powołano Kierownictwo Walki Cywilnej.


Organem doradczym Delegata był Polityczny Komitet Porozumiewawczy, czyli przedstawicielstwo partii politycznych, stanowiących koalicję rządu RP, który w sierpniu 1943 r. został przemianowany na Krajową Reprezentację Polityczną, a w marcu 1944 r. przekształcony w Radę Jedności Narodowej.


Pierwszym Delegatem Rządu na Kraj był Cyryl Ratajski ze Stronnictwa Pracy, który funkcję tę sprawował od 2 grudnia 1940 r. Z powodu ciężkiej choroby złożył dymisję ze stanowiska, która została przyjęta 5 sierpnia 1942 r. przez premiera gen. Władysława Sikorskiego. Zmarł 19 października tego samego roku. Jego następcą został przedstawiciel Stronnictwa Ludowego Jan Piekałkiewicz.


Przyszły Delegat Rządu na Kraj urodził się w 1892 r. w Kursku w zachodniej części Imperium Rosyjskiego. Pochodził z rodziny inteligenckiej. W czasie wojny ukończył studia ekonomiczne na Politechnice Petersburskiej, a następnie pracował w rosyjskiej służbie statystycznej. Po powrocie do odrodzonej Polski wstąpił w szeregi Wojska Polskiego. Walczył w wojnie z bolszewikami. Po jej zakończeniu rozpoczął pracę w Głównym Urzędzie Statystycznym. W latach dwudziestych został wykładowcą Szkoły Nauk Politycznych w Warszawie i ekspertem Banku Polskiego.


Był przeciwnikiem nowych władz po zamachu majowym. Wstąpił do Polskiego Stronnictwa Ludowego. W konsekwencji został zwolniony z pracy w GUS i Szkole Nauk Politycznych. Znalazł zatrudnienie w Międzynarodowym Instytucie Statystycznym i na Uniwersytecie Jana Kazimierza we Lwowie. Był także bardzo aktywnym działaczem ruchu ludowego. Pod koniec lat trzydziestych wszedł w skład Rady Naczelnej Stronnictwa Ludowego.


Swoją działalność kontynuował pod okupacją niemiecką. W lipcu 1941 r. Polityczny Komitet Porozumiewawczy zgłosił jego kandydaturę do funkcji zastępcy Delegata Rządu na Kraj. Mimo sprzeciwu otoczenia premiera Władysława Sikorskiego objął tę funkcję. Lato 1941 r. było okresem głębokiego konfliktu pomiędzy poszczególnymi ugrupowaniami politycznymi w okupowanej Polsce. Ich osią był stosunek do podpisanego 30 lipca 1941 r. układu Sikorski-Majski. W proteście przeciwko jego zapisom z Polskiego Komitetu Porozumiewawczego wystąpili przedstawiciele Polskiej Partii Socjalistycznej – Wolność, Równość, Niepodległość. Część polityków uważała, że zmiana Delegata Rządu na Kraj może przysłużyć się ponownemu porozumieniu stronnictw podziemnych. Za kandydata do tej funkcji uznawano Jana Piekałkiewicza.


5 sierpnia 1942 r., po rezygnacji Ratajskiego, nowym Delegatem mianowany został Jan Piekałkiewicz. Funkcję objął 17 września 1942 r. Przyjął nową tożsamość. Od tej pory posługiwał się dokumentami na nazwisko Julian Podhorecki oraz pseudonimami Juliański i Wernic.


W pierwszych miesiącach sprawowania funkcji dążył do rozbudowy struktur wojskowych Polskiego Państwa Podziemnego i jednocześnie rozszerzenia nad nim nadzoru cywilnego. Napotykał opór Związku Walki Zbrojnej, którego dowództwo z gen. Stefanem Roweckim „Grotem” na czele sprzeciwiało się ograniczeniu swoich kompetencji na rzecz władz cywilnych. Ostatecznie wysiłki Piekałkiewicza w kierunku stworzenia departamentu wojskowego w Delegaturze Rządu na Kraj spełzły na niczym.


W 1942 r. Delegatura Rządu na Kraj dostrzegała coraz bardziej zbrodnicze działania niemieckich okupantów wymierzone w ludność żydowską. Decyzją Piekałkiewicza pomoc Żydom znalazła się w kompetencjach dwóch departamentów Delegatury – Spraw Wewnętrznych i Opieki Społecznej. W grudniu 1942 r. powołano Tymczasowy Komitet Pomocy Żydom im. Konrada Żegoty, któremu przekazano 70 tys. zł na pomoc Żydom „w kierunku ratowania ich od śmierci, ich legalizacji, przydzielenia im pomieszczeń, udzielenia zasiłków materialnych”. W kolejnych miesiącach powołano lokalne struktury „Żegoty”.


Na początku 1943 r. stworzona przez sowietów Polska Partia Robotnicza nawiązała kontakty z Delegaturą Rządu na Kraj. Za podjęciem rozmów z komunistami opowiadała się część ludowców. Piekałkiewicz nie uczestniczył w rozmowach, gdyż uznał, że ryzyko dekonspiracji jest zbyt wysokie. Rozmowy zakończyły się całkowitym fiaskiem. Komuniści mieli na celu wejście do „głównego nurtu” konspiracji, aby zwiększyć swoje oddziaływanie społeczne. Sowiecka agentura proponowała utworzenie tzw. narodowych komitetów walki, które miałyby być swoistą konkurencją dla Armii Krajowej i byłyby niezależne od rządu RP.


„Nie udało nam się zorganizować narodowych komitetów walki, ponieważ nasza partia była jeszcze za słaba” – podsumował kilka miesięcy później Paweł Finder, sekretarz generalny PPR. W kolejnych dziesięcioleciach propaganda reżimu komunistycznego wykorzystywała fiasko tych rozmów do pokazania, że rząd RP nie był zainteresowany porozumieniem ponad podziałami politycznymi. Ostatnie rozmowy Delegatury z PPR odbyły się już po aresztowaniu Piekałkiewicza, a to posłużyło komunistom do wysuwania tezy, że był zwolennikiem porozumienia, ale nie dane było mu doprowadzić do jego finalizacji. W rzeczywistości Delegatura Rządu na Kraj pod przewodnictwem Piekałkiewicza jednoznacznie określała komunistów jako ekspozyturę interesów sowieckich, która odrzuca legalność rządu RP i jego instytucji. Porozumienie z PPR było możliwe tylko w wypadku spełnienia warunków stawianych przez rząd RP, który domagał się uznania swojej legalności i potwierdzenia, że celem wojny jest przywrócenie istnienia państwa polskiego obejmującego ziemie zagrabione przez Związek Sowiecki we wrześniu 1939 r.


19 lutego 1943 r. na przystanku tramwajowym w Warszawie, przy skrzyżowaniu Marszałkowskiej z Litewską, dwóch funkcjonariuszy gestapo aresztowało Piekałkiewicza. Jednym z nich był Hauptscharführer Erich Ernst Müller. Na początku lat siedemdziesiątych esesman zeznawał w toczącym się w RFN procesie Ludwiga Hahna, jednego z największych zbrodniarzy w Generalnym Gubernatorstwie. Stwierdził, że to Hahn zlecił po aresztowaniu zamordowanie Piekałkiewicza.


Okoliczności aresztowania do dziś nie zostały w pełni wyjaśnione. Wielu historyków sugerowało, że doszło do niego w wyniku zinfiltrowania Delegatury przez wywiad niemiecki. Bez wątpienia Piekałkiewicz mógłby uniknąć aresztowania dokonanego przez zaledwie dwóch gestapowców, gdyby nie odmówił posiadania eskorty żołnierzy Armii Krajowej. Po dotarciu informacji o aresztowaniu do Londynu premier Sikorski 1 marca 1943 r. nakazał „uczynić wszystko, co możliwe, by wyrwać z rąk gestapo Wernica”. Wysiłki nie przyniosły rezultatu.


Piekałkiewicz mimo bestialskich tortur nie zdradził Niemcom żadnych istotnych informacji dotyczących funkcjonowania pionu cywilnego Polskiego Państwa Podziemnego. Po wielu tygodniach został przeniesiony z siedziby gestapo w alei Szucha do więzienia na Pawiaku, a następnie ponownie na Szucha. Podczas procesu Hahna Irena Chmielewicz, urzędniczka kancelaryjna i tłumaczka warszawskiego urzędu Sicherheitspolizei, zeznawała na temat ostatnich dni życia Piekałkiewicza: „Pewnego razu wezwano mnie nawet tam, pytając, czy nie znam aresztowanego. Obok niego stał Vossberg, z wielkim bykowcem w ręku. Człowiek był już potwornie zbity. Nie znałam go. Nigdy go przedtem nie widziałam. Vossberg powiedział mi wówczas, że to głowa prolondyńskiego ruchu oporu, prof. Jan Piekałkiewicz. Po pewnym czasie jedna z koleżanek mówiła mi, że Piekałkiewicz został wykończony (+erledigt+) na Szucha”.


Zmarł 19 czerwca 1943 r. Zwłoki pochowano w zbiorowej mogile na Cmentarzu Bródnowskim. Kilka dni później wydobyto i ponownie pochowano na tym samym cmentarzu. Uroczysty pogrzeb odbył się 25 lipca 1946 r. na Powązkach. Piekałkiewicz spoczął obok swojej żony. 29 listopada 1995 r. został odznaczony Orderem Orła Białego.