Od czerwca 1945 roku, na polecenie Delegatury Sił Zbrojnych na Kraj, organizował przerzut na ziemie zachodnie byłych żołnierzy AK zagrożonych aresztowaniem. Jesienią 1945-go ujawnił się i podjął, przerwane przed wojną, studia prawnicze.

Działał też w tworzących się strukturach Zrzeszenia "Wolność i Niezawisłość". Organizował siatkę wywiadu, opracowywał raporty o życiu politycznym i nastrojach społecznych w kraju. Zrzeszenie od początku było zwalczane przez komunistyczne służby bezpieczeństwa. Józef Rzepka wszedł w skład ostatniego, IV Zarządu Głównego WiN, który utworzyli w styczniu 1947 roku bojownicy z rejonu Rzeszowa. Został aresztowany w 1950 roku i skazany na karę śmierci. Wyrok wykonano 1 marca 1951 w więzieniu na Mokotowie w Warszawie. Kapitan Rzepka miał 37 lat.

We wrześniu 1992 roku sąd unieważnił tamten wyrok. W 2007, za wybitne zasługi dla niepodległości Rzeczypospolitej Polskiej, prezydent Lech Kaczyński odznaczył pośmiertnie Józefa Rzepkę Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski. W 2013 został awansowany do stopnia majora.

1 marca, w dniu stracenia Józefa Rzepki i sześciu innych żołnierzy niepodległościowego podziemia, od 2011 roku jest obchodzony Narodowy Dzień Pamięci Żołnierzy Wyklętych.

(więcej)

Wyrok w sprawie Józefa Rzepki zapadł w procesie dotyczącym oddziału podpułkownika Łukasza Cieplińskiego pseudonim "Pług". Jego żołnierze należeli do IV Zarządu Głównego Zrzeszenia "Wolność i Niezawisłość". Urząd Bezpieczeństwa zatrzymał ich na przełomie 1948 i 1949 roku. Proces toczył się w 1950-tym. Oskarżonym zarzucano między innymi współpracę z hitlerowcami podczas okupacji i działania przeciw władzy ludowej. Podpułkownika Cieplińskiego i sześciu jego najbliższych współpracowników: Józefa Rzepkę, Mieczysława Kawalca, Adama Lazarowicza, Franciszka Błażeja, Karola Chmiela i Józefa Batorego, Wojskowy Sąd Rejonowy w Warszawie skazał 14 października 1950 roku na karę śmierci. Najwyższy Sąd Wojskowy nie uwzględnił rewizji, a prezydent Bolesław Bierut nie skorzystał z prawa łaski.

1 marca 1951 roku skazani zostali zamordowani przez funkcjonariusza Urzędu Bezpieczeństwa Aleksandra Dreja. Egzekucja rozpoczęła się o godzinie 20:00. Skazani byli kolejno odprowadzani na miejsce kaźni, a kat strzelał im w tył głowy. Józef Rzepka zginął ostatni, o godzinie 20.45. Ciał zamordowanych nie wydano rodzinom. Pogrzebano je w nieznanym do dziś miejscu.

Ponad 40 lat po tragedii, 17 września 1992 roku, unieważniono wyrok, przywracając Józefowi Rzepce i innym zamordowanym działaczom "WiN" prawa honorowe. 17 listopada 2013 w Rzeszowie odsłonięto jego popiersie.
W 2001 roku Sejm Rzeczpospolitej przyjął specjalną uchwałę, w której złożył hołd pomordowanym, więzionym i prześladowanym żołnierzom organizacji "Wolność i Niezawisłość".