"Żegota" powstała z przekształcenia Tymczasowego Komitetu Pomocy Żydom im. Konrada Żegoty, powołanego jesienią 1942 roku przez Delegaturę Rządu na Kraj. Powołanie "Żegoty" było inicjatywą pisarki Zofii Kossak-Szczuckiej oraz Wandy Krahelskiej-Filipowiczowej, plastyczki i wydawcy, związanej z Polską Partią Socjalistyczną.

Kilkunastoosobowy zespół "Żegoty" tworzyli ludzie reprezentujący różne poglądy polityczne, przedstawiciele polskich i żydowskich ugrupowań. Prowadzili swoją działalność, mimo iż od jesieni 1941 roku na okupowanych ziemiach polskich za pomoc ukrywającym się Żydom groziła kara śmierci. W wyniku działań "Żegoty" Żydzi otrzymywali wsparcie materialne - około 4 tysiące osób, a także fałszywe dokumenty - karty pracy, metryki, świadectwa ślubu, produkowane przez biuro legalizacyjne "Żegoty". Członkowie Rady szukali dla nich mieszkań i kryjówek, starali się też zapewnić im opiekę medyczną. Dzięki wysiłkom Ireny Sendlerowej i kierowanego przez nią referatu "Żegoty", z warszawskiego getta uratowano i objęto opieką 2 i pół tysiąca dzieci żydowskich. Rada dostarczała też konspiracyjnej prasie informacje dotyczące zagłady Żydów, wydawała ulotki i kolportowała plakaty.

Jej pierwszym przewodniczącym został Julian Grobelny z PPS-WRN. Kontakty z "Żegotą" z ramienia Delegatury Rządu na Kraj utrzymywali - kierownik jej Referatu Żydowskiego Witold Bieńkowski oraz jego zastępca Władysław Bartoszewski. Usytuowanie Rady w strukturach związanych z rządem londyńskim zapewniało jej wsparcie Polskiego Państwa Podziemnego oraz finansowanie. Rada otrzymywała środki nie tylko od Delegatury Rządu, ale także od organizacji żydowskich za granicą i od obywateli. Funkcjonowała w stolicy do chwili wybuchu Powstania Warszawskiego, a potem kontynuowała działalność w mniejszym zakresie w Milanówku pod Warszawą aż do stycznia 1945 roku.