Niemcy zamierzali zniszczyć polską elitę intelektualną, co miało być początkiem germanizacji regionu lubelskiego. W kolejnych dniach listopada nastąpiły dalsze zatrzymania. Szacuje się, że podczas Sonderaktion Lublin okupant aresztował ponad 2 tysiące polskich intelektualistów, urzędników i duchownych. Nazwę "Sonderaktion Lublin" nadali tym wydarzeniom polscy historycy.

Za początek represyjnej akcji uznaje się 9 listopada 1939 roku. Aresztowania przeprowadzone wówczas w Lublinie objęły nauczycieli szkół podstawowych i średnich, profesorów uczelni wyższych, a także duchownych. W gronie zatrzymanych znaleźli się między innymi: rektor Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego ksiądz Antoni Szymański oraz profesor tej uczelni - ksiądz Zdzisław Goliński. Aresztowano też prezesa Sądu Okręgowego Stanisława Bryłę, prezesa Sądu Apelacyjnego Bolesława Sekutowicza oraz członków powołanej we wrześniu 1939 roku Straży Obywatelskiej. W kolejnych dniach listopada nastąpiły dalsze zatrzymania.

Według obliczeń Zofii Leszczyńskiej, historyk związanej z Państwowym Muzeum na Majdanku, w listopadzie hitlerowcy aresztowali w Lublinie około 250 osób, w tym 16 wykładowców KUL oraz ponad 100 duchownych katolickich.

Trzy dni wcześniej, 6 listopada 1939 roku, w Krakowie podczas Sonderaktion Krakau Niemcy aresztowali 183 osoby, wśród nich profesorów Uniwersytetu Jagiellońskiego, Akademii Górniczej i Akademii Rolniczej. Większość z zatrzymanych została wywieziona do niemieckich nazistowskich obozów koncentracyjnych - Sachsenhausen i Dachau. Wydarzenia w Krakowie i Lublinie były etapami "Intelligenzaktion" - tzw. akcji Inteligencja, podczas której od września 1939 do kwietnia 1940 roku na okupowanych ziemiach polskich Niemcy zamordowali co najmniej 100 tysięcy Polaków.