Jan Bagiński urodził się 31 maja 1932 w Kamionce na Wołyniu. Jako dziecko był świadkiem rzezi wołyńskiej, którą relacjonował bardzo obrazowo podkreślając jednak, że wśród Ukraińców byli także ludzie życzliwi Polakom.

Tacy właśnie Ukraińscy sąsiedzi ostrzegli rodzinę małego Janka Bagińskiego przed planowanym napadem na jej dom i rodzina ta zdołała uciec w okolicę gdzie działała polska samoobrona. Tam z kolei podczas bitwy z Ukraińcami Polakom przyszli na pomoc sowieccy partyzanci, którzy jednak po zwycięstwie aresztowali polskich przywódców miejscowej samoobrony.

Wspomnienia biskupa Bagińskiego to najlepsza ilustracja złożoności problemów narodowościowych na dawnych kresach wschodnich rzeczpospolitej. Warto tu podkreślić, że Wołyń do 1945 roku nie był uważany wcale za Kresy, ale ziemie podobnie jak Lwów leżące w środku polskiego państwa.

Wróćmy jednak do życiorysu wybitnego biskupa. Jan Bagiński po przybyciu na Opolszczyznę zwrócił uwagę na brak problemów narodowościowych, w swoich wspomnieniach podkreślał, że Ślązacy byli jego kolegami z klasy.

W jednym z wywiadów zapytany jak to się stało, że w środku stalinizmu zdecydował się zostać księdzem odpowiedział: „Naoglądałem się od dziecka tyle zła i zbrodni, że Pan Bóg i Kościół wydawał się ostatnią ostoją prawości. Jeszcze w Opolu w drodze z kościoła do domu można się było natknąć na leżące na ulicy trupy. Człowiek szukał jakiegoś piękna i dobra. Raz i drugi poszedłem z kolegami na zabawę, ale czułem, że to wszystko jest też dobre, ale nie dla mnie.”

Studia filozoficzno-teologiczne ukończył w roku 1956 w Wyższym Seminarium Duchownym Śląska Opolskiego w Nysie. Święcenia kapłańskie otrzymał 17 czerwca 1956 w Opolu z rąk bp. Zdzisława Golińskiego. W czasie studiów był w grupie kleryków oblanych kwasem przez tajnych funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa podczas akcji zniechęcania studentów seminarium do kontynuowania w nim nauki.

Jego pierwszą parafią były Pyskowice, gdzie został wikarym. Otrzymał wówczas misję odbudowy spalonego kościoła w Pniowie, z której doskonale się wywiązał.
W późniejszym okresie uzyskał stopień doktora teologii dogmatycznej na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Pracował jako wykładowca w Nyskim seminarium, gdzie pełnił najpierw funkcję prefekta, a potem zastępcy rektora.

W tym czasie zdemaskował esbeckiego agenta wśród studentów seminarium. Człowiek ten przyłapany na fałszerstwie druków L4 zmuszony został do podjęcia studiów w seminarium. Okazało się, że ów kleryk był niewierzący. W czasie pracy w seminarium księdzu Bagińskiemu proponowano podjęcie współpracy ze służbą bezpieczeństwa, gdy stanowczo odrzucił tę propozycję stał się obiektem szeregu szykan ze strony komunistycznych władz.
Od 1976 roku był proboszczem parafii w Kluczborku i jednocześnie pełnił funkcję dziekana dekanatu kluczborskiego.

W roku 1985 został mianowany biskupem pomocniczym diecezji opolskiej i biskupem tytularnym Tagaraty, Sakrę biskupią z rąk kardynała Józefa Glempa otrzymał 15 sierpnia 1985 w Opolu.

14 sierpnia 2009 r. papież Benedykt XVI przyjął rezygnację biskupa Jana Bagińskiego z posługi opolskiego biskupa pomocniczego i odtąd korzystał z emerytury. Biskup senior Jan Bagiński zmarł 19 maja 2019 roku w Opolu. Pochowano go przy parafii świętych Piotra i Pawła w Opolu.