Jan Koj po ukończeniu szkoły podstawowej w Bielszowicach kontynuował naukę w gimnazjach we Włoszech, Bochni, Cieszynie i Ołomuńcu, dzięki czemu biegle poznał sześć języków. Zapewniło mu to funkcję tłumacza w pruskiej armii podczas I wojny światowej.

Po wojnie studiował teologię na Uniwersytecie Wrocławskim a jednocześnie wstąpił do Polskiej Organizacji Wojskowej Górnego Śląska w której został przydzielony do służby w powiecie katowickim, gdzie wkrótce Wojciech Korfanty mianował go Komisarzem Plebiscytowym. 18 sierpnia 1920 roku dowodził obroną katowickiego komisariatu plebiscytowego przed atakiem niemieckich bojówek, który zapoczątkował drugie powstanie śląskie.

Podczas III powstania śląskiego Jan Koj początkowo walczył w 3 pułku powstańczym a następnie powierzono mu organizację samorządu na zajętych przez powstańców terenach. W okresie międzywojennym początkowo pracował w śląskiej administracji państwowej, a w roku 1922, został wybrany na burmistrza Mikołowa, którą to funkcję pełnił do września roku 1939. Był także posłem na sejm śląski oraz w latach 1935-38 posłem na sejm RP.

Podczas II wojny światowej ukrywał się pod zmienionym nazwiskiem we Lwowie. Tam pracował jako pielęgniarz w Klinice Ortopedii Uniwersytetu Lwowskiego a równocześnie sprawował funkcję członka pięcioosobowej konspiracyjnej Rady Ludowej Województwa Lwowskiego.

Zaraz po wojnie jako były powstaniec śląski został członkiem grupy generała Zawadzkiego, której zadaniem była organizacja polskiej administracji na tzw. ziemiach odzyskanych. W ten sposób w maju 1945 roku został mianowany burmistrzem Nysy. Tam w ciągu pół roku uruchomił wodociągi miejskie, kanalizację, elektryczność oraz instalację gazową.

Rozpoczął także odgruzowywanie miasta i korzystając z wiedzy nabytej podczas ukrywania się we lwowskiej akademii medycznej opanował epidemię duru brzusznego. W październiku 1945 roku przeniesiono go do Gliwic, gdzie wkrótce został wybrany prezydentem miasta i posłem na tzw. sejm ustawodawczy.

W swojej działalności jako przedwojenny samorządowiec nieustannie popadał w konflikty z komunistycznymi władzami propagującymi sterowanie centralne także samorządem. 6 maja 1948 roku Jan Koj zmarł z wyczerpania w jednym z krakowskich szpitali. Jako oficjalną przyczynę zgonu podano zawał serca.