Podczas kampanii wrześniowej 1939 roku walczył w obronie Warszawy. Był dowódcą 1. kompanii i zastępcą dowódcy 5. zmotoryzowanego batalionu saperów. Ranny, dostał się do niewoli niemieckiej. Po ucieczce z obozu jenieckiego w Radomiu wrócił do Warszawy.
Od grudnia 1939 działał w konspiracji, w Związku Walki Zbrojnej. Początkowo należał do tak zwanego Sztabu Dywersji, a od sierpnia 1940 dowodził batalionem saperów miasta stołecznego Warszawy. W czerwcu 1942 roku objął dowództwo Związku Odwetu Okręgu Warszawskiego AK.

Od listopada 1942 roku Jerzy Antoni Lewiński był organizatorem i dowódcą Kedywu (Kierownictwa Dywersji) Okręgu Warszawa AK. Odpowiadał za wiele akcji zbrojnych Związku Odwetu i Kedywu, w tym głośną akcję "Wieniec" przeciwko niemieckiemu transportowi kolejowemu, przeprowadzoną w październiku 1942. W tym samym czasie zostały wysadzone tory kolejowe w ośmiu miejscach Warszawskiego Węzła Kolejowego.

Ponadto uczestniczył między innymi w akcji "Getto", podczas której AK udzielała zbrojnej pomocy żydowskim powstańcom z getta. W maju 1943 roku wyraził zgodę na przeprowadzenie przez Jana Krysta "Alana" samodzielnej akcji bojowej w kawiarni "Adria", podczas której zastrzelonych zostało trzech oficerów gestapo. Dowództwo Kedywu z reguły nie pozwalało na takie akcje, w tym jednak przypadku sytuacja była wyjątkowa - "Alan" chorował na gruźlicę płuc i miał wkrótce umrzeć.

Jerzy Antoni Lewiński zginął rozstrzelany przez Niemców 24 listopada 1943 roku prawdopodobnie przy ulicy Nabielaka w Warszawie. Po śmierci odznaczono go Srebrnym Krzyżem Zasługi.