Minister kultury Piotr Gliński wyjaśniał, że muzeum opowiada o "dwóch gigantach polskiej historii". Podkreślił, że podtrzymali oni polską wiarę, tożsamość narodową i kulturową, a także przyczynili się do obalenia komunizmu. „My, jako wspólnota narodowa i kulturowa pewnie bylibyśmy słabsi, gdybyśmy nie mieli takich przywódców i takich liderów” - zaznaczył szef resortu kultury. Arcybiskup warszawski kard. Kazimierz Nycz powiedział, że muzeum poświęcone Janowi Pawłowi II i prymasowi Wyszyńskiemu jest niezwykle potrzebne. „Nie tylko zasługują oni na to muzeum, ale i my go potrzebujemy, nasze pokolenie, żeby przeżywać przypominanie sobie ich dokonań, ale także, żeby te historie poznawało młode pokolenie" - wyjaśniał.

Dyrektor muzeum Piotr Dmitrowicz zapowiedział, że podpisana umowa umożliwi realizację nowych projektów. Powiedział, że już 17 października w muzeum odbędzie się międzynarodowa konferencja poświęcona 45. rocznicy pontyfikatu Jana Pawła II. Jak dodał, dzięki Ministerstwu Kultury i Dziedzictwa Narodowego rozpoczyna się także budowa kolejnej strefy muzealnej poświęconej czasom krakowskim polskiego papieża.

Ekspozycja główna Muzeum Jana Pawła II i Prymasa Wyszyńskiego znajduje się w pierścieniu okalającym kopułę Świątyni Opatrzności Bożej na wysokości 26 metrów. Wystawa opowiada historię dwóch patronów Muzeum - Jana Pawła II i prymasa Stefana Wyszyńskiego - na tle stulecia, w którym żyli. Jej ramy chronologiczne obejmują okres od 1901 roku (rok urodzin Stefana Wyszyńskiego) do 2005 roku (śmierć Jana Pawła II). Ekspozycja ukazuje wpływ obu bohaterów na losy Kościoła i Polski, ich wkład w zachowanie wiary i tożsamości narodowej, kulturowej Polaków oraz obalenie komunizmu.