W czasie Powstania Warszawskiego w podziemiach kościoła dominikanów przy Freta mieściła się filia Centralnego Powstańczego Szpitala Chirurgicznego. Przebywali tam chorzy i szukająca schronienia ludność cywilna. Ranni i uciekinierzy gromadzili się także w nawie bocznej kościoła dominikanów i zabudowaniach klasztornych, które znajdowały się obok. Poza tym w klasztorze miał swoją siedzibę dowódca Armii Krajowej Grupy "Północ" - pułkownik Karol Ziemski "Wachnowski", który dowodził stamtąd obroną Starego Miasta.

Gdy 26 sierpnia 1944 wojska niemieckie zbombardowały świątynię, zginęło ponad tysiąc osób. Kilka dni później, 2 września, oddziały SS weszły na teren kościoła. Esesmani podpalili i wysadzili resztki zabudowań oraz klasztor, w którym mieścił się sierociniec. Jego personel i ciężko ranni pacjenci szpitala zostali rozstrzelani.

Po wojnie zburzono neogotycką fasadę kościoła św. Jacka i odbudowano go w latach 1947-1959 w stylu barokowym. Ze zniszczeń wojennych ocalała między innymi siedemnastowieczna kaplica Kotowskich z rzeźbą Ecce Homo i dwa nagrobki z tego samego okresu. W 1962 roku konsekracji kościoła dokonał błogosławiony kardynał Stefan Wyszyński, prymas Polski. Świątynia jest częścią zespołu klasztornego ojców dominikanów. W 77. rocznicę niemieckiego bombardowania, 26 sierpnia 2021 roku, na dzwonnicy świątyni odsłonięto tablicę upamiętniającą osoby, które zginęły w kościele św. Jacka w 1944 roku. Podczas uroczystości ojciec Dawid Kołodziejczyk powiedział, że historia sprzed lat pozostaje ważna dla zakonu, dominikanie pamiętają w modlitwie o poległych w klasztorze, na Starówce i w całym Powstaniu Warszawskim.

(więcej)

Powstanie Warszawskie, które wybuchło 1 sierpnia 1944 roku, było największym zrywem niepodległościowym Armii Krajowej i największą akcją zbrojną podziemia w okupowanej przez Niemców Europie. Celem walki była niepodległa Polska, wolna od niemieckiej okupacji i sowieckiej dominacji. Bój o wyzwolenie stolicy trwał 63 dni. Znacznie słabiej uzbrojeni od Niemców polscy żołnierze walczyli o każdy dom i każdy metr ziemi. Niektóre budynki wielokrotnie przechodziły z rąk do rąk. Do walki włączyła się ludność Warszawy, harcerze, a nawet dzieci, które roznosiły meldunki i pomagały w budowaniu barykad.

Powstanie zakończyło się podpisaniem układu o zaprzestaniu działań wojennych w nocy z 2 na 3 października 1944 roku. W czasie walk zginęło od 16 do 18 tysięcy powstańców, a prawie 25 tysięcy zostało rannych. Po kapitulacji do niewoli dostało się około 12 tysięcy żołnierzy i oficerów. Straty wśród osób cywilnych wyniosły około 180 tysięcy osób. Mimo, że Powstanie Warszawskie nie osiągnęło celu wojskowego ani politycznego, do dziś jest symbolem męstwa i niezłomnej walki o wolność. W świadomości społecznej bywa uważane za powstanie narodowe.