Oskarżono ich między innymi o przygotowywanie wraz z Niemcami ataku na Związek Radziecki. Zarzucono im też tworzenie oddziałów bojowych i grup terrorystycznych, które miały mordować przeciwników Armii Krajowej oraz radzieckich wojskowych. W akcie oskarżenia podano liczbę rzekomych ofiar "polskiego terroru" - stu żołnierzy.
Był to jeden z najgłośniejszych procesów pokazowych, którymi komunistyczne władze, także w Polsce, próbowały zastraszyć społeczeństwo. Czterodniowa rozprawa przed Kolegium Wojskowego Sądu Najwyższego w Moskwie rozpoczęła się 18 czerwca 1945 roku. Nadano jej wielki rozgłos, co miało zdyskredytować w oczach świata legalne władze Rzeczypospolitej oraz antykomunistyczny ruch oporu w Polsce.
13 z 16 oskarżonych skazano na kary więzienia - od 4 miesięcy do 10 lat, a trzech uniewinniono. Generał Leopold Okulicki, Jan Stanisław Jankowski oraz Stanisław Jasiukowicz zmarli lub zostali zamordowani w radzieckich więzieniach. Pozostali wrócili do Polski, lecz wielu z nich - także tych uniewinnionych - ponownie aresztowano. Ostatni z sądzonych w Procesie Szesnastu - Adam Bień - zmarł w 1998 roku, w wieku 98 lat.
W dniu, kiedy ogłaszano wyroki, 21 czerwca 1945 roku, w Moskwie odbywały się rozmowy - w obecności Józefa Stalina - między londyńskim wicepremierem Stanisławem Mikołajczykiem a Władysławem Gomułką i Bolesławem Bierutem, reprezentującymi komunistyczny Rząd Tymczasowy. Spotkanie dotyczyło utworzenia marionetkowego Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej, autoryzowanego przez Amerykanów i Brytyjczyków.
"Stalin pokazał, jak niewiele mógł Zachód po tej stronie, w której on dominuje" - powiedział historyk Rafał Habielski w audycji Polskiego Radia w 2021 roku. "W tym samym czasie odbyła się pierwsza konferencja założycielska ONZ, gdzie Związek Radziecki deklarował budowanie przyjaznego ładu między narodami. Natomiast tutaj mamy politykę faktów dokonanych" - podkreślił profesor Habielski. "Bo z jednej strony jest likwidacja środowiska, które jest zagrożeniem dla komunistów, a z drugiej strony przedstawienie światu, jak ten porządek będzie wyglądał i kto nie ponosi żadnej odpowiedzialności" - dodał historyk.
(