Aresztowany przez funkcjonariuszy bezpieki, został skazany na śmierć wyrokiem sądu wojskowego i stracony wraz z dowódcą oraz pięcioma towarzyszami w więzieniu mokotowskim w 1949 roku. Miał 25 lat.

Jerzy Miatkowski od 1943 roku należał do Armii Krajowej. Brał udział w Powstaniu Warszawskim, walczył w Śródmieściu, w batalionie "Kiliński". Jego siostra Wanda była łączniczką w batalionie "Wigry" na Starym Mieście. Po upadku zrywu "Zawada" dostał się do niewoli niemieckiej. Został uwolniony przez wojska amerykańskie, z transportu przewożącego jeńców nad Ren.

Po powrocie do Polski, w styczniu 1946 roku wstąpił w szeregi oddziału majora Hieronima Dekutowskiego "Zapory". Oddział podlegał Inspektoratowi Lublin Zrzeszenia "Wolność i Niezawisłość". Jerzy Miatkowski służył w patrolu porucznika Jana Szaciłowa "Renka". Pół roku później objął funkcję adiutanta majora "Zapory". Został odznaczony Krzyżem Walecznych.

Wiosną 1947 roku ujawnił się, w związku z ogłoszoną przez władze komunistyczne amnestią, i powrócił do stolicy. W obawie przed aresztowaniem przez funkcjonariuszy komunistycznego aparatu bezpieczeństwa, zdecydował się na opuszczenie kraju wraz ze swym dowódcą. Zatrzymany 15 września 1947 roku w Nysie wraz z majorem Dekutowskim i jego najbliższymi współpracownikami. Aresztowanie nastąpiło w wyniku zdrady i prowokacji, którą zorganizował Urząd Bezpieczeństwa z Katowic. Jerzego Miatkowskiego przewieziono do centralnego więzienia Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego w Warszawie na Mokotowie.

Wyrokiem Wojskowego Sądu Rejonowego z 15 listopada 1948 roku, "Zawada" został skazano go na karę śmierci. Wyrok wykonano 7 marca 1949-go w więzieniu przy ulicy Rakowieckiej. Wraz z nim zginęli: Hieronim Dekutowski, Roman Groński, Stanisław Łukasik, Tadeusz Pelak, Edmund Tudruj i Arkadiusz Wasilewski. Bezpieka pogrzebała potajemnie ich zwłoki w nieznanym miejscu.

Dopiero kilka lat po transformacji ustrojowej (1989), Jerzy Miatkowski został zrehabilitowany wyrokami Sądu Wojskowego w Warszawie. Jego szczątki odnaleziono latem 2012 roku na tzw. "Łączce" Cmentarza Wojskowego na stołecznych Powązkach. Dwa lata później oficjalnie poinformowano o identyfikacji szczątków "Zawady", wśród ofiar pomordowanych przez organa bezpieczeństwa publicznego w latach 1945-1956, pochowanych w Kwaterze na Łączce.

W 2007 roku, postanowieniem prezydenta Lecha Kaczyńskiego, został odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski, za wybitne zasługi dla niepodległości Rzeczypospolitej Polskiej.