Od października 1943 roku egzekucje przeprowadzano publicznie na ulicach miasta, czasami nawet kilka razy w ciągu jednego dnia. Szacuje się, że między styczniem 1943 a lipcem 1944 roku Niemcy zamordowali w Warszawie około 20 tysięcy ludzi.

Miejscem straceń więźniów Pawiaka - głównego więzienia śledczego gestapo - były początkowo Palmiry oraz lasy w okolicach Warszawy. Wymagało to jednak transportu setek więźniów, co było dla Niemców niewygodne i ryzykowne. Po informacjach okolicznych mieszkańców Polskie Państwo Podziemne niejednokrotnie odkrywało masowe groby i publikowało wiadomości o nich w prasie konspiracyjnej.

Dlatego po likwidacji getta, w obrębie którego znajdowało się więzienie, niemieccy oprawcy zaczęli wykorzystywać jego teren do masowych egzekucji. Miały one na celu także zastraszanie mieszkańców stolicy.

Gdy Niemcy przystąpili do ostatecznej likwidacji getta, napotkali na silny opór. Świadomi nadchodzącej zagłady Żydzi rozpoczęli powstanie. W getcie było wtedy kilkadziesiąt tysięcy, według hitlerowskich danych - około 56 tysięcy, mieszkańców.

Nierówna i mordercza walka trwała cztery tygodnie - od 19 kwietnia do 16 maja 1943 roku. Niemcy zrównali getto z ziemią, metodycznie paląc dom po domu. Żydzi ginęli w walce, na skutek pożarów, w egzekucjach, byli też wywożeni do obozów zagłady.
Do pierwszego mordu na terenie getta doszło 7 maja 1943 roku, kiedy trwały tam jeszcze powstańcze walki. Niemcy rozstrzelali blisko stu więźniów Pawiaka. Potem egzekucje odbywały się niemal codziennie.

Ta z 29 maja 1943 roku była największą jednorazową zbrodnią popełnioną przez Niemców na terenie Warszawy przed wybuchem Powstania Warszawskiego. Zginęło około 530 osób. Imienna lista ofiar liczy ponad 250 nazwisk. Są tam urzędnicy, naukowcy, działacze polityczni, żołnierze i oficerowie Armii Krajowej, artyści, przedwojenni policjanci. Wśród nich było wiele kobiet.

Egzekucja przeprowadzona 29 maja odbiła się szerokim echem w okupowanej Warszawie, a członkowie polskiego ruchu oporu zaczęli na masową skalę umieszczać na murach miasta napisy "Pawiak pomścimy". Działacze PPP wydrukowali i rozrzucili kilkadziesiąt tysięcy ulotek informujących o zbrodni.

Rozstrzelania nieopodal Pawiaka trwały w kolejnych miesiącach aż do likwidacji więzienia. Do ostatnich zbrodni doszło już podczas Powstania Warszawskiego - 13 i 18 sierpnia 1944 roku. Liczba ofiar tych mordów jest szacowana nawet na 20 tysięcy osób.
Więzienie na Pawiaku funkcjonowało do 21 sierpnia 1944 roku, kiedy to Niemcy wysadzili je w powietrze wraz z sąsiadującymi budynkami. Została po nim jedynie frontowa brama przy ulicy Dzielnej.

W odbudowanym po wojnie przyziemiu więzienia dziś znajduje się Muzeum Więzienia Pawiak. Placówka została otwarta 28 listopada 1965 roku. Mury, które przetrwały wykorzystano, aby przedstawić w nich historię zarówno więzienia, jak i więźniów. W środku znajduje się kilka sal, gdzie można zobaczyć między innymi makietę więzienia czy pamiątki po osadzonych.