Celem komunistycznych władz było skompromitowanie Kościoła katolickiego w Polsce i przedstawienie go opinii społecznej jako niebezpiecznej "reakcyjnej agentury Watykanu". Ponadto chodziło o zdyskredytowane środowisk emigracyjnych, które miały zlecać kapłanom owo szpiegostwo.

Proces rozpoczął się 21 stycznia, a już 27 stycznia Wojskowy Sąd Rejonowy w Krakowie wydał wyrok. Na karę śmierci skazał księdza Józefa Lelitę, wikarego parafii w Rabce-Zdroju i kapelana Narodowej Organizacji Wojskowej, oraz Edwarda Chachlicę i Michała Kowalika. Ksiądz Franciszek Szymonek z parafii w Rabce-Zdroju otrzymał dożywocie, księża - notariusze kurii: Wit Brzycki i Jan Pochopień - po 15 i 8 lat oraz Stefania Rospond z Kongregacji Żywego Różańca Dziewcząt - 6 lat.

Kary śmierci, decyzją Rady Państwa z 18 sierpnia 1953 roku, zamieniono na dożywocie. Po blisko 40 latach, w 1992 roku, sąd Warszawskiego Okręgu Wojskowego unieważnił wyroki wydane w procesie kurii krakowskiej.

Rozprawy w 1953 roku odbywały się w hali widowiskowej jednego z krakowskich przedsiębiorstw, oskarżał Naczelny Prokurator Wojskowy Stanisław Zarakowski, odpowiedzialny za wydawanie wyroków śmierci na żołnierzy antykomunistycznego podziemia. Propagandowe media zamieszczały artykuły opisujące "bandę zdrajców, szpiegów i wyrzutków". O kurii krakowskiej pisano, że jest "siedliskiem reakcji powiązanej z ośrodkami szpiegostwa i dywersji".

Pod pretekstem śledztwa sąd skonfiskował wiele zabytkowych przedmiotów będących własnością krakowskiej kurii oraz ukryty w archiwum depozyt katyński, zawierający koperty z dokumentami i pamiątkami wydobytymi przez Niemców w czasie prac ekshumacyjnych w 1943 roku w Katyniu.

Po wydaniu wyroku w procesie kurii krakowskiej, 9 lutego 1953 komunistyczne władze ogłosiły dekret o obsadzaniu stanowisk kościelnych za zgodą organów państwowych. We wrześniu tego samego roku rządzący przeprowadzili proces pokazowy przeciwko biskupowi Czesławowi Kaczmarkowi, a wkrótce potem aresztowali na trzy lata prymasa Polski kardynała Stefana Wyszyńskiego. Osobisty sekretarz prymasa - biskup Antoni Baraniak - na 27 miesięcy trafił do aresztu na Mokotowie, gdzie był torturowany. Jego nieugięta postawa udaremniła komunistom spreparowanie procesu pokazowego kardynała Wyszyńskiego.

W sumie w latach 1952-1953 władze PRL wtrąciły do więzień około tysiąca kapłanów.