Był to jedyny obóz koncentracyjny zlokalizowany w stolicy państwa okupowanego przez Niemcy, a także jeden z trzech - obok Majdanka i Płaszowa - utworzonych przez Niemców na terenie Generalnego Gubernatorstwa. Rozkaz o jego organizacji wydał 11 czerwca 1943 roku jeden z przywódców nazistowskich Niemiec Reichsfuehrer SS Heinrich Himmler. Niemcy więzili w KL Warschau głównie Żydów z różnych krajów Europy, także z Polski, oraz Polaków.
Przed wybuchem Powstania Warszawskiego, latem 1944 roku, wobec zbliżającego się frontu wschodniego, Niemcy podjęli decyzję o likwidacji obozu. 27 lipca wymordowali kilkuset słabszych i chorych więźniów. Dzień później około czterech tysięcy ludzi pognali w kierunku Kutna. W trakcie trwającego trzy dni marszu więźniowie nie dostali ani wody, ani żadnego pożywienia. Ci, którzy nie mieli siły iść, byli zabijani. Przeżyło około dwóch tysięcy osób. Zostali wywiezieni do KL Dachau.
Więźniowie, których Niemcy zostawili w KL Warschau, mieli zająć się likwidacją infrastruktury obozowej. To oni 5 sierpnia 1944 roku, w piątym dniu Powstania Warszawskiego, zostali wyzwoleni w brawurowej akcji żołnierzy Batalionu "Zośka" Armii Krajowej. Powstańcy uwolnili 348 Żydów, w tym 24 kobiety. Część z nich przyłączyła się do walk o Warszawę.
Po II wojnie światowej na terenie Gęsiówki ponownie więziono ludzi. Obóz przejęły NKWD i Ministerstwo Bezpieczeństwa Publicznego. Trzymano tutaj przede wszystkim niemieckich jeńców wojennych, których wykorzystywano do pracy przy odbudowie Warszawy. Zostali zwolnieni w 1949 roku, ale nie oznaczało to końca istnienia więzienia. Powstało tam wówczas Centralne Więzienie - Ośrodek Pracy w Warszawie. Aż do 1956 roku przetrzymywano w nim więźniów politycznych i kryminalnych.
Jesienią 1946 roku w miejscu obozu przeprowadzono ekshumację - wydobyto wtedy ponad dwie tony prochów ludzkich. Zostały pochowane na Cmentarzu Wolskim.
(więcej)
19 lipca 1943 roku do KL Warschau dotarł pierwszy transport więźniów KL Buchenwald. Dzień ten uznawany jest za datę rozpoczęcia działalności obozu. Został utworzony po likwidacji getta warszawskiego, w ruinach dzielnicy żydowskiej. Najpierw osadzono w nim niemieckich więźniów kryminalnych szkolonych na obozowych kapo, a później głównie Żydów z różnych krajów Europy, w tym z Polski, oraz Polaków. Sprowadzanie Żydów spoza Polski miało na celu uniemożliwienie komunikacji z ludnością Warszawy i utrudnienie potencjalnej ucieczki. Więźniowie Gęsiówki byli zatrudnieni przy porządkowaniu ruin getta i wynajdowaniu w nim drogocennych przedmiotów. W KL Warschau oraz przylegających do niego ruinach Niemcy masowo rozstrzeliwano Polaków - ofiary łapanek na ulicach stolicy.
Na potrzeby obozu zajęto dawny budynek Koszar Wołyńskich przy zbiegu ulic Gęsiej i Zamenhofa, gdzie przed wojną mieściło się więzienie wojskowe, a w czasie niemieckiej okupacji Areszt Centralny dla Dzielnicy Żydowskiej. Jednak budynek szybko okazał się zbyt mały i wkrótce Gęsiówka objęła teren między Okopową i Zamenhofa.
Ostatnie ruiny budynków KL Warschau, w tym frontową ścianę dawnych Koszar Wołyńskich, rozebrano w połowie lat 60. XX wieku. Obecnie nie ma już śladu zabudowań. Znajduje się tam skwer, osiedle mieszkaniowe oraz Muzeum Historii Żydów Polskich POLIN.
Historycy od lat nie są zgodni co do przeznaczenia i zasad funkcjonowania KL Warschau, a także wielkości i lokalizacji obozu oraz tego, czy na jego terenie znajdowały się komory gazowe.
Instytut Pamięci Narodowej liczbę zamordowanych w obozie szacuje na 20 tysięcy. Według IPN, KL Warschau zajmował obszar pomiędzy ówczesnymi ulicami: Gęsią, Zamenhofa, Okopową, Glinianą, Ostrowską oraz Wołyńską. Więźniami obozu byli Żydzi z różnych krajów Europy, jak również Polacy - więźniowie polityczni. Obóz oraz przylegające do niego ruiny były także wykorzystywane przez Niemców jako miejsce egzekucji. Masowo rozstrzeliwano tam Polaków - ofiary łapanek na ulicach Warszawy.
Według badaczki historii Marii Trzcińskiej z Głównej Komisji Badania Zbrodni Hitlerowskich (zmarła w 2011), celem obozu była eksterminacja mieszkańców stolicy i miał on znacznie szerszy zasięg niż przyjmuje to oficjalna historiografia. Oprócz Gęsiówki miał obejmować także cztery inne miejsca: lager w Lasku na Kole, lager przy Bonifraterskiej, zlokalizowany przy dworcu Gdańskim, oraz dwa obiekty zagłady - lagry Warszawa Zachodnia. Maria Trzcińska oszacowała liczbę śmiertelnych ofiar KL Warschau na 200 tysięcy. Mówiła także o komorze gazowej, znajdującej się pod Dworcem Zachodnim. W roku 2017 historyk i fotograf Zygmunt Walkowski opublikował wyniki badań zdjęć lotniczych Warszawy, w tym zrobionych podczas wojny przez Luftwaffe i odnalezionych w amerykańskich archiwach. Według niego KL Warschau został ograniczony do rejonu ulicy Gęsiej, a pod Dworcem Zachodnim nie było komory gazowej.