Właściwie nazywał się Jan Kozielewski, "Karski" był jego pseudonimem przyjętym podczas działalności w ruchu oporu, i pod tym nazwiskiem pozostał później znany światu. Kilkakrotnie jako kurier emisariusz dostarczał rządowi na uchodźstwie meldunki o sytuacji w okupowanym kraju. Misją jego życia było przekazanie informacji o planowej eksterminacji Żydów prowadzonej przez III Rzeszę. W tym celu dotarł w przebraniu do obozu w Izbicy, z którego Niemcy transportowali Żydów na śmierć, a także dwukrotnie wszedł do warszawskiego getta.

Jesienią 1942 roku przedostał się do Londynu. Na podstawie dokumentów przywiezionych przez Karskiego ówczesny minister spraw zagranicznych w rządzie RP w Londynie Edward Raczyński w grudniu 1942 roku przedstawił aliantom szczegółowy raport o Holokauście. W 1943 roku Karski złożył też raport amerykańskiemu prezydentowi Franklinowi Delano Rooseveltowi. Apelował do przedstawicieli najwyższych władz alianckich o ratunek dla Żydów, jednak bezskutecznie. Nikt mu nie uwierzył. "Chciałem uratować miliony, a nie byłem w stanie ocalić jednego człowieka" - mówił po latach.

Po wojnie nie mogąc wrócić do komunistycznej Polski, Jan Karski osiadł w Stanach Zjednoczonych. Wykładał stosunki międzynarodowe i teorię komunizmu na katolickim Uniwersytecie Georgetown w Waszyngtonie, pisał książki. Jego publikacja o działalności Polskiego Państwa Podziemnego "Tajne państwo: opowieść o polskim Podziemiu", wydana w 1944 w USA, stała się wkrótce bestsellerem i została przetłumaczona na wiele języków. W Polsce po raz pierwszy ukazała się 55 lat później, w 1999 roku.

W 1995 Jan Karski został uhonorowany najwyższym polskim odznaczeniem Orderem Orła Białego, otrzymał także amerykański Medal Eisenhowera. W 1982 roku przyznano mu tytuł Sprawiedliwy wśród Narodów Świata i honorowe obywatelstwo Izraela.

Polskę odwiedził pięciokrotnie, pierwszy raz w 1974 roku, kolejne wizyty odbywały się po upadku komunizmu.

Zmarł w Waszyngtonie, 13 lipca 2000 roku, w wieku 86 lat. Pośmiertnie został odznaczony Prezydenckim Medalem Wolności - najwyższym odznaczeniem cywilnym Stanów Zjednoczonych. W 2016 - awansowany na stopień generała brygady.