Prymas Stefan Wyszyński kierował Kościołem w naszym kraju w warunkach komunistycznego ustroju. Rządzący po sfałszowaniu wyborów w 1947 roku i wyeliminowaniu politycznej opozycji oraz antykomunistycznego podziemia, rozpoczęli walkę z Kościołem. Prymas Wyszyński, który doświadczył niemieckiego i sowieckiego totalitaryzmu, przeciwstawiał się komunistycznej ideologii. Bronił praw człowieka, kultury i tożsamości narodu. Aby uchronić Kościół w Polsce przed frontalnym atakiem komunistów, jak działo się w innych krajach uzależnionych od Związku Radzieckiego, w 1950 roku doprowadził do zawarcia Porozumienia episkopatu z władzami.

W okresie nasilonych represji, w maju 1953 roku, prymas skierował do władz memoriał, w którym mówił, że Kościół nie może pójść na dalsze ustępstwa w obliczu krzywd, jakich doznają zarówno hierarchowie, jak i społeczeństwo. Znalazły się w nim słynne słowa: "Rzeczy Bożych na ołtarzach Cezara składać nie wolno. Non possumus! (Nie możemy)". Wkrótce potem, 25 września 1953 roku, prymas został aresztowany i trzy lata przebywał w odosobnieniu, kolejno w Rywałdzie, Stoczku koło Lidzbarka Warmińskiego, Prudniku na Śląsku Opolskim i Komańczy w Bieszczadach. Stale inwigilowany i podsłuchiwany, codziennie odprawiał mszę za swoich prześladowców.

W czasie internowania opracował program odnowy życia religijnego w Polsce, zawarty w Jasnogórskich Ślubach Narodu. Podczas uroczystości 26 sierpnia 1956 roku, ponad milion wiernych zgromadzonych na Jasnej Górze ślubowało bronić wiary, wyrażając zdecydowany sprzeciw wobec komunistycznej dyktatury. O więzionym prymasie przypominał fotel przed ołtarzem, z wiązanką biało-czerwonych kwiatów.

W latach 1957-1965 prymas Wyszyński prowadził Wielką Nowennę, która była programem duszpasterskim, poprzedzającym uroczystości Milenium Chrztu Polski w 1966 roku. Inicjatywą prymasa było też Nawiedzenie, czyli wędrówka Matki Bożej w kopii Obrazu Jasnogórskiego po parafiach. Podczas obrad Soboru Watykańskiego II, w listopadzie 1965 roku episkopat Polski z prymasem Wyszyńskim na czele wystosował orędzie do biskupów niemieckich, zawierające przebaczenie i prośbę o pojednanie obu narodów. Posłużyło to komunistom do wszczęcia nagonki na Kościół oraz bezpośrednio wobec prymasa. Kardynał Stefan Wyszyński zabierał głos w ważnych dla kraju wydarzeniach, stając po stronie pokrzywdzonych, a także konsekwentnie sprzeciwiając się decyzjom władz, które godziły w interes społeczny. W marcu 1968 roku potępił sprawców pobicia studentów oraz wskazywał negatywne skutki antysemickiej kampanii prowadzonej przez partię, a szkodzącej dobremu imieniu Polski. Krytykował także interwencję wojsk PRL w Czechosłowacji, a w grudniu 1970 roku dotarł do wiernych na Wybrzeżu, przekazując im wyrazy solidarności i modlitwy za protestujących robotników.

We wrześniu 1976 roku prymas Stefan Wyszyński mówił w Warszawie: "W Ojczyźnie naszej, gdy patrzymy na różne zdarzenia i bolesne fakty, chociażby takie, jakie miały miejsce w 1970 roku na Wybrzeżu czy w czerwcu br. (1976) w Ursusie, w Radomiu, w Płocku, czy gdziekolwiek, rozumiemy, że takich trudności i boleści nie rozwiąże się ani policją, ani biciem, ani kijami czy gazami. Jednym się rozwiąże: otworzyć serce i pokazać je braciom. Pokazać je obywatelom".

W latach 1980-1981 kardynał Wyszyński pośredniczył w rozmowach między władzami PRL a działającą od niedawna Solidarnością. Doprowadził do historycznej wizyty jej przedstawicieli u Jana Pawła II w Rzymie w styczniu 1981 roku. Pracował do końca, gdy wiosną 1981 roku zaognił się spór rządu i Solidarności, prymas spotkał się z premierem Wojciechem Jaruzelskim. Jeszcze 2 kwietnia 1981 kardynał Wyszyński przyjął delegację założycielską Solidarności Rolników Indywidualnych. Ostatni raz wystąpił publicznie 22 maja 1981 roku, otwierając obrady Rady Głównej Episkopatu Polski.

Prymas Stefan Wyszyński zmarł na chorobę nowotworową 28 maja 1981 roku o godzinie 4.40. Jego pogrzeb stał się wielkim wydarzeniem patriotycznym i manifestacją poparcia głoszonych przez niego idei. Na uroczystości na placu Zwycięstwa w Warszawie (obecnie plac marsz. Józefa Piłsudskiego), którym przewodniczył watykański sekretarz stanu kardynał Agostino Casaroli, przybyło kilkaset tysięcy ludzi. Na trumnie prymasa leżała biało-czerwona szarfa z napisem: "Niekoronowanemu królowi Polski".

Biskup Jerzy Modzelewski odczytał duchowy testament zmarłego. Kardynał Wyszyński wybaczał w nim także tym, którzy go atakowali i więzili. Prymas Tysiąclecia został pochowany w archikatedrze św. Jana w Warszawie.