Śledztwo w sprawie jego śmierci, umorzone w czasach PRL, zostało wznowione w 1991 roku. Później było jeszcze kilkakrotnie podejmowane i umarzane z powodu niemożności wykrycia sprawców. Do tej pory nie udało się ustalić szczegółowych okoliczności śmierci studenta.

W 2006 roku Stanisław Pyjas został pośmiertnie odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski, a w 2019-tym - Krzyżem Wolności i Solidarności.

W czerwcu ubiegłego (2023) roku Instytut Pamięci Narodowej poinformował, że śledztwo w sprawie śmierci Stanisława Pyjasa może zostać wznowione w przypadku pojawienia się nowych dowodów, a mężczyzna został najprawdopodobniej wypchnięty z II piętra przez balustradę klatki schodowej.

47 lat temu śmierć opozycjonisty wzbudziła ogromne emocje. W Krakowie i kilku innych miastach organizowano demonstracje i czarne marsze, podczas których dochodziło do starć z milicją. Powstały Studenckie Komitety Solidarności - pierwsze tego typu organizacje w Europie Wschodniej. Jednym z nich był SKS, który powołano w Krakowie, podczas tzw. czarnej procesji 15 maja 1977 roku. Komitet domagał się między innymi wyjaśnienia okoliczności śmierci Stanisława Pyjasa.

Do tej pory nikt nie poniósł konsekwencji za śmierć studenta, mimo że od początku wszystko wskazywało na działanie SB. Pierwsze dochodzenie przeprowadzono w 1977 roku. W ustaleniu przyczyn zdarzenia mógł pomóc kolega Stanisława Pyjasa z uniwersytetu - Stanisław Pietraszko. Widział on opozycjonistę dzień przed jego śmiercią z nieznanym mężczyzną. Pietraszko pomógł w sporządzeniu portretu pamięciowego mężczyzny, jednak potem zginął w niewyjaśnionych okolicznościach. Śledztwo umorzono. Następne zostało podjęte dopiero po przemianach ustrojowych, w 1991. Ustalono wtedy, że Stanisław Pyjas został śmiertelnie pobity na zlecenie bezpieki, prawdopodobnie przez byłego boksera Mariana Węclewicza, który niedługo potem zmarł. Śledztwo umorzono. Podejmowane w następnych latach dochodzenia nie przynosiły przełomu w sprawie i były umarzane głównie z przyczyn formalno-prawnych.

W 2001 roku sąd w Krakowie skazał na dwa lata więzienia w zawieszeniu dwóch byłych funkcjonariuszy MO i SB, oskarżonych o utrudnianie w 1977 śledztwa w sprawie śmierci studenta. Chodziło o ukrywanie przed prokuraturą informacji dotyczących zaangażowania SB w sprawę.