Duchowni byli poddawani eksterminacji jako przedstawiciele polskiej inteligencji, którą Niemcy zamierzali całkowicie zniszczyć, a także - jako reprezentujący Kościół, uważany za strażnika polskiej tożsamości na przestrzeni wieków. Z ponad 10 tysięcy księży diecezjalnych w Polsce, podczas II wojny światowej zginęło 20 procent. W sumie poniosły śmierć 2804 osoby duchowne, w tym biskupi, księża, zakonnicy i siostry zakonne, a 3563 przeżyły obozy koncentracyjne, więzienia i represje.
Obóz koncentracyjny w Dachau był głównym obozem przeznaczonym przez Niemców dla duchownych katolickich, protestanckich i prawosławnych. Wśród uwięzionych tam 2794 duchownych, było 1773 kapłanów z Polski. W Dachau zamordowano 868 księży Polaków.
Więźniów zmuszano do wyniszczającej pracy na torfowiskach i w piaskarniach. Przeprowadzano na nich zbrodnicze eksperymenty pseudomedyczne. Księżom nie wolno było odprawiać mszy świętych, odmawiać brewiarza, modlić się i mieć przy sobie jakiegokolwiek przedmiotu kultu. Zakazano również duchowej pomocy umierającym.
W kwietniu 1945 roku księża więzieni w Dachau modlili się o wyzwolenie do św. Józefa Kaliskiego, i przyrzekli, że jeśli przeżyją, będą pielgrzymować do miejsca jego kultu. Nie wiedzieli, że Niemcy zaplanowali likwidację obozu, z którego nikt nie miał wyjść żywy. 29 kwietnia, na cztery godziny przed wykonaniem rozkazu Reichsfuehrera SS Heinricha Himmlera, obóz strzeżony przez uzbrojoną załogę został zdobyty przez nieliczną grupę alianckich żołnierzy armii generała George'a Pattona.
Uwolnieni księża od 1948 roku pielgrzymowali do sanktuarium św. Józefa w Kaliszu. Jako wotum za ocalenie powstała Kaplica Męczeństwa i Wdzięczności w podziemiach kaliskiego sanktuarium oraz Instytut Studiów nad Rodziną w Łomiankach, założony przez arcybiskupa Kazimierza Majdańskiego, byłego więźnia Dachau.
W 50. rocznicę wyzwolenia obozu, w 1995 roku, Jan Paweł II napisał do księży, którzy przeżyli KL Dachau: "W otchłani okrucieństwa i nienawiści, tam gdzie postanowiono zniszczyć biologicznie człowieka, podeptać jego godność, trwaliście mężnie i heroicznie jako jedyni świadkowie miłości, przebaczenia, jako zwiastunowie nowej cywilizacji, opartej na prawdzie, dobru, szacunku dla życia i sprawiedliwości". Dwa lata później papież odwiedził kaliskie sanktuarium, gdzie zawierzył św. Józefowi polskie rodziny oraz sprawę ochrony życia nienarodzonych na całym świecie.
Z inicjatywy biskupa Ignacego Jeża, który przeżył Dachau, w 2002 roku Konferencja Episkopatu Polski postanowiła, że kontynuacją pielgrzymek księży w dniu wyzwolenia obozu - 29 kwietnia - będą (od 2005 roku) obchody Dnia Męczeństwa Duchowieństwa Polskiego.
(więcej)
Polscy księża i siostry zakonne ginęli od pierwszych dni II wojny światowej, między innymi stali się ofiarami masowych egzekucji na Pomorzu i w Wielkopolsce. Byli mordowani w niemieckich nazistowskich obozach koncentracyjnych, jak Auschwitz-Birkenau, gdzie ojciec Maksymilian Maria Kolbe oddał życie za współwięźnia. Zmarł śmiercią męczeńską w bunkrze głodowym, 14 sierpnia 1941 roku, dobity przez Niemców zastrzykiem fenolu. W 1982 roku został kanonizowany przez Jana Pawła II.
Księża-kapelani Wojska Polskiego, jeńcy z września i października 1939 roku, wywiezieni do niemieckiego obozu koncentracyjnego Buchenwaldu, za odmowę podeptania czapek wojskowych z polskim orzełkiem zostali brutalnie skatowani. Więzień Auschwitz błogosławiony ksiądz Józef Kowalski był często bity, szykanowany i upokarzany. Idąc na śmierć, prosił o modlitwę za swoich prześladowców. Został zakatowany 4 lipca 1942 roku, za odmowę podeptania różańca.
Błogosławiona Katarzyna Celestyna Faron ze Zgromadzenia Sióstr Służebniczek Najświętszej Maryi Panny Niepokalanie Poczętej, aresztowana przez Niemców w 1942 roku, przeszła przez więzienia w Jaśle i Tarnowie, następnie trafiła do Auschwitz-Birkenau, gdzie pracowała przy kopaniu rowów. Zachorowała na tyfus plamisty i gruźlicę, w szpitalu modliła się na różańcu zrobionym z chleba. Zmarła w Wielkanoc 1944 roku.
Miejscami kaźni duchownych były także obozy: Majdanek, Mauthausen, Sachsenhausen oraz Stutthof, do którego już 3 września 1939 roku Niemcy przywieźli około stu księży z Gdańska. W grupie duchownych, którzy zginęli w KL Dachau, byli późniejsi beatyfikowani, jak: biskup Michał Kozal, ksiądz Stefan Frelichowski czy ksiądz Adam Bargielski. Pobyt w Dachau przeżyli między innymi: późniejszy arcybiskup Kazimierz Majdański, poddany w obozie zbrodniczym pseudoeksperymentom medycznym, biskup Ignacy Jeż, kardynał Adam Kozłowiecki i ojciec Marian Żelazek.
Podczas II wojny światowej 11 sióstr nazaretanek z klasztoru w Nowogródku - obecnie na Białorusi - dobrowolnie oddało życie za 120 mieszkańców, aresztowanych przez okupanta w odwecie za działalność organizacji partyzanckich. Niemcy rozstrzelali zakonnice 1 sierpnia 1943 roku. Zostały beatyfikowane w 2000 roku.
W gronie 108 męczenników II wojny światowej, zamordowanych z nienawiści do wiary, a beatyfikowanych przez Jana Pawła II w 1999 roku, są trzej biskupi, 26 kapłanów zakonnych, trzej klerycy, 7 braci zakonnych, 8 sióstr zakonnych i 9 osób świeckich.