Obóz zagłady w Sachsenhausen został założony w lipcu 1936 roku jako obóz modelowy i szkoleniowy SS. Przeciętnie przebywało w nim około 50 tysięcy więźniów. W sumie przez KL Sachsenhausen i jego filie przeszło ponad 200 tysięcy ludzi. Kilkadziesiąt tysięcy straciło życie na skutek głodu, chorób i zimna, zostało zamordowanych lub zmarło w wyniku eksperymentów pseudomedycznych . Dokładną liczbę ofiar trudno ustalić, ponieważ oryginalna lista zmarłych została w większości zniszczona przez SS pod koniec wojny.
Polacy stanowili najliczniejszą grupę więźniów. Wśród nich znajdowali się przedstawiciele inteligencji, w tym profesorowie wyższych uczelni w Krakowie, a także duchowni i dowódcy wojskowi. To tam po wybuchu Powstania Warszawskiego, na rozkaz szefa SS Heinricha Himmlera, został zamordowany generał Stefan Rowecki "Grot" - organizator i pierwszy dowódca Armii Krajowej.
W Sachsenhausen przetrzymywano też między innymi 170 profesorów i pracowników naukowych Uniwersytetu Jagiellońskiego i Akademii Górniczo-Hutniczej w Krakowie, pojmanych w listopadzie 1939 roku w akcji "Sonderaktion Krakau". Ciężkie warunki bytowe, częste apele na mrozie i wycieńczająca metoda, jaką było Stehkommando, czyli wielogodzinne stanie w baraku w czasie pomiędzy apelami, sprawiły, że nie wszyscy doczekali zwolnienia w lutym 1940 roku, po międzynarodowych interwencjach. Trzynastu krakowskich naukowców zmarło, a młodszych - poniżej 40. roku życia - Niemcy przewieźli z Sachsenhausen do obozu w Dachau pod Monachium.
(więcej)
Z uwagi na swoje położenie - blisko stolicy III Rzeszy - Sachsenhausen stał się obozem szkoleniowym, uważanym przez hitlerowców za wzorcowy pod względem organizacyjnym. Szkolili się w nim SS-mani, którzy później administrowali innymi obozami, w tym późniejszy komendant Auschwitz-Birkenau Rudolf Hoess. W 1938 roku, jeszcze przed wybuchem II wojny światowej, przeniesiono tam Inspektorat Obozów Koncentracyjnych, który stanowił centralę administracyjną wszystkich nazistowskich obozów zagłady.
W Sachsenhausen Niemcy przeprowadzali na więźniach zbrodnicze pseudoeksperymenty medyczne. W 1941 roku na jeńcach sowieckich dokonali próby masowego uśmiercania gazem w ciężarówkach. Tę metodę naziści wykorzystali potem między innymi w obozie Kulmhof nad Nerem, który stał się miejscem masowej zagłady ludności żydowskiej z Kraju Warty oraz więźniów łódzkiego getta. W 1942 roku w Sachsenhausen Niemcy zbudowali komorę gazową, krematoria i izbę przeznaczoną do egzekucji przez rozstrzelanie. Do tego czasu więźniów rozstrzeliwano masowo w dołach na terenie obozu.
1 lutego 1945 roku, po przekroczeniu Odry przez Armię Czerwoną, naziści rozpoczęli ewakuację Sachsenhausen. Słabych i chorych wymordowali, resztę skierowali w tzw. marszu śmierci do innych obozów. Na miejscu zostało jedynie około 3 tysięcy więźniów. W latach 1945-1949 w miejscu nazistowskiego obozu istniał obóz sowiecki dla niemieckich jeńców wojennych. Przeszło przez niego około 50 tysięcy ludzi, z których kilkanaście tysięcy straciło życie. Ponad 5 tysięcy sowieci wywieźli do ZSRR.
Jesienią 2021 roku w Niemczech rozpoczął się proces 101-letniego Josefa S., domniemanego strażnika KL Sachsenhausen, któremu zarzucano współudział w tysiącach morderstw. W czerwcu 2022 został skazany na pięć lat więzienia za pomoc w zamordowaniu ponad 3500 osób w tym obozie. Oskarżony do końca procesu zaprzeczał, że był strażnikiem w niemieckim obozie koncentracyjnym, mówił, że był rolnikiem.
Tylko niewielka cześć zbrodniarzy z Sachsenhausen odpowiadała przed niemieckimi sądami. Do 2005 roku w RFN przeprowadzono w sumie 257 postępowań karnych przeciwko 340 podejrzanym z obozu. Trzy czwarte wszystkich spraw zostało umorzonych z powodu braku dowodów. Po wojnie procesy toczyły się także przed radzieckimi trybunałami wojskowymi w NRD. Wtedy część załogi obozu została skazana na dożywocie i wywieziona do Związku Radzieckiego, jednak w 1955 roku zwolniona na mocy umowy amnestyjnej między ZSRR a RFN. Jeden z komendantów Sachsenhausen, który w 1947 roku został skazany przez radziecki trybunał wojskowy na 25 lat więzienia, po powrocie do RFN otrzymał wysokie odszkodowanie.