W czasie wojny Huta Pieniacka stała się polską placówką samoobrony przed Ukraińską Powstańczą Armią. Dodatkowo kilka dni przed pacyfikacją doszło do starcia oddziału samoobrony z patrolem policyjnym złożonym z Ukraińców służących w 4. Galicyjskim Ochotniczym Pułku Policji SS powiązanym z 14. Dywizją SS „Galizien". Zginęło dwóch ukraińskich żołnierzy.
Z relacji świadków wynika, że 28 lutego pacyfikacja rozpoczęła się wczesnym rankiem. Ukraińscy żołnierze 4. Pułku Policyjnego dywizji SS „Galizien”, pod dowództwem niemieckiego kapitana, wspierani przez oddziały Ukraińskiej Powstańczej Armii i członków paramilitarnego oddziału ukraińskich nacjonalistów, zapędzili mieszkańców do szkoły i kościoła, położonych w centrum wsi. Resztę zabudowań splądrowali i spalili. Po brutalnych przesłuchaniach, które miały na celu między innymi zidentyfikowanie członków oddziału samoobrony, ludzi zagnano do okolicznych zabudowań i żywcem spalono. Tych, którzy usiłowali uciekać, rozstrzeliwano. Wieś została zrównana z ziemią.
Tragedia w Hucie Pieniackiej była jednym z wydarzeń, do których doszło podczas rzezi wołyńskiej - masowych akcji nacjonalistów ukraińskich przeciwko ludności polskiej, przeprowadzanych z największym nasileniem w 1943 roku. Trudno ustalić dokładną liczbę ofiar rzezi, ponieważ wiele miejscowości zostało zrównanych z ziemią. Według szacunków Instytutu Pamięci Narodowej w latach 1943-1945 na Wołyniu, w Galicji Wschodniej i na Lubelszczyźnie zginęło około 100 tysięcy obywateli II Rzeczpospolitej. Po stronie ukraińskiej liczba ofiar wyniosła od 10 do 12 tysięcy. Ludzie ci zginęli z rąk Polaków w akcjach odwetowych i samoobrony lub zostali zamordowani przez samych Ukraińców za udzielenie pomocy polskim sąsiadom.
(więcej)
Kilka dni przed pacyfikacją, 23 lutego (1944), w okolicy Huty Pieniackiej doszło do starcia miejscowego oddziału samoobrony z patrolem policyjnym złożonym z Ukraińców służących w 4. Pułku Policyjnym dywizji SS „Galizien”. W wyniku walk dwóch żołnierzy ukraińskich zginęło, a ośmiu zostało rannych. W starciu wzięły też udział oddziały UPA wspierające żołnierzy SS.
Po starciach z 23 lutego mieszkańcy Huty Pieniackiej przygotowywali się do mającej nastąpić niemieckiej akcji odwetowej. Wywiad Inspektoratu AK w Złoczowie w nocy z 27 na 28 lutego przekazał oddziałowi samoobrony w Hucie Pieniackiej dowodzonemu przez Kazimierza Wojciechowskiego, że do wsi zdążają oddziały 14. Dywizji SS „Galizien”. Zalecono, aby nie stawiać oporu, liczono, że oddziały SS jedynie skontrolują wieś. Podobna sytuacja miała miejsce kilka dni wcześniej we wsi Majdan, gdzie obyło się bez ofiar.
W 2005 roku w miejscu dawnej wsi Huta Pieniacka postawiono pomnik ku czci Polaków zamordowanych w 1944 roku. Jest to krzyż z kamiennymi tablicami, na których wyryto nazwiska zidentyfikowanych osób. Monument wzniesiono dzięki staraniom Rady Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa. W 2013 roku w geście dobrej woli miejscowi Ukraińcy przekazali Polakom monstrancję z kościoła, który znajdował się we wsi i został zniszczony w czasie pacyfikacji.
Od 2008 roku funkcjonuje Stowarzyszenie Huta Pieniacka, zrzeszające ocalonych, ich rodziny oraz osoby działające na rzecz godnego upamiętnienia ofiar zbrodni, a także budowania dialogu polsko-ukraińskiego.