Powstała jako jedna z pierwszych instytucji w odrodzonej, niepodległej Polsce. Kontrolowała dochody i wydatki państwowe, stała na straży prawidłowości administrowania majątkiem państwa, a także sprawdzała decyzje finansowe instytucji, zakładów, fundacji i funduszów oraz jednostek samorządowych i miast.

Po II wojnie światowej, w 1949 roku, organ został reaktywowany jako Najwyższa Izba Kontroli, instytucja niezależna od rządu. Stan ten jednak utrzymał się tylko przez trzy lata, bowiem w 1952 roku w miejsce NIK utworzono Ministerstwo Kontroli Państwowej. Komunistyczne władze Polski naruszyły zasadę niezawisłości izby od administracji i zależności jedynie od parlamentu. W kolejnych latach najwyższy organ kontroli państwowej był w praktyce jednym z ministerstw i wchodził w skład rządu, który - w teorii - także powinien podlegać kontroli. Sytuacja zmieniła się na fali popaździernikowej odwilży.

W 1957 roku przywrócono Najwyższą Izbę Kontroli i jej podporządkowanie Sejmowi. Dziś NIK działa w oparciu o Konstytucję RP, Ustawę o NIK, Statut i Zarządzenia Prezesa Izby. Podlega Sejmowi, a prezes NIK powoływany jest, za zgodą Senatu, przez Sejm na 6-letnią kadencję.

W 2014 roku Najwyższa Izba Kontroli została odznaczona Medalem "Pro Memoria".