Dzięki sukcesom żołnierzy Polskiego Państwa Podziemnego, ludność wysiedlanych ziem stawiła silny opór Niemcom, także zbrojny. Działania podziemia zostały nazwane "Powstaniem Zamojskim".

Bitwa pod Zaborecznem, stoczona w obronie wsi przed pacyfikacją, trwała cały dzień. Siłami niemieckimi w liczbie 400 żołnierzy dowodził major Ernst Schwieger. Przeciwko nim stanęło 250 partyzantów Batalionów Chłopskich pod dowództwem kapitana Franciszka Bartłomowicza, pseudonim "Grzmot". W bitwie poległo około 110 żołnierzy niemieckich, liczba rannych nie jest znana. Polacy stracili jednego żołnierza, a dwóch zostało rannych.

1 lutego 1943 roku, po ustaleniu przez wywiad ruchu oporu, że Niemcy planują akcję wysiedleńczą w Zaborecznie i okolicznych wsiach, kapitan Bartłomowicz zarządził koncentrację miejscowych oddziałów Batalionów Chłopskich. Partyzanci otrzymali zakaz wychodzenia z lasu, dzięki temu ponieśli w bitwie tak niskie straty. Mimo że po południu przegrywające oddziały niemieckie wezwały posiłki, wszędzie napotkały silny opór partyzantów, ponieważ "Grzmot" przewidział wszystkie posunięcia Niemców.

Zdając raport po bitwie, major Schwieger określił jej rozmiary jako "powstanie". Stwierdził, że jego ludzie zostali zaatakowani przez oddział liczący od 700 do 800 - jak to określił - "bandytów". Docenił również sprawne dowodzenie kapitana "Grzmota".

Spektakularne zwycięstwo żołnierzy polskiego podziemia upamiętnia pomnik w Zaborecznie w województwie lubelskim.

W 2020 roku zmarła ostatnia uczestniczka bitwy pod Zaborecznem - Sabina Słupska, pseudonim "Narcyz", sanitariuszka Batalionów Chłopskich.

W czasie okupacji niemieckiej, zgodnie z Generalnym Planem Wschodnim, Zamojszczyznę przeznaczono na teren dla Niemców z innych części Europy. Kolonizację poprzedziła akcja wysiedlenia ludności polskiej.

Od listopada 1942 do sierpnia 1943 roku Niemcy wysiedlili blisko 110 tysięcy mieszkańców z prawie 300 zamojskich wsi. Stanowiło to ponad 30 procent ludności regionu. Wśród wypędzonych było przeszło 30 tysięcy dzieci, z których 10 tysięcy zmarło lub zaginęło.

Do zakończenia pacyfikacji Zamojszczyzny, oprócz oporu Polaków, przyczyniła się także klęska Niemców na froncie wschodnim. Szacuje się, że do początku 1944 roku na opuszczonych terenach osiedliło się około 13 tysięcy kolonistów niemieckich, zamiast planowanych 60 tysięcy.