Przed sądem stanęło 10 osób z I Zarządu Głównego i działaczy. Byli to: pułkownik Jan Rzepecki, pułkownik Jan Szczurek-Cergowski, cichociemny Marian Gołębiewski, szefowa łączności zagranicznej Emilia Malessa oraz Kazimierz Leski, Antoni Sanojca, Tadeusz Jachimek, Henryk Żuk, Józef Rybicki i Ludwik Muzyczka. Zarzucono im między innymi organizowanie dywersji, przeprowadzanie aktów terroru oraz morderstwa, rabunki i szpiegostwo.

Sąd wydał wyrok 3 lutego. Jan Rzepecki został skazany na 8 lat więzienia, Marian Gołębiewski na karę śmierci, pozostałe osoby - od 2 do 12 lat więzienia. Dwa dni później zostali ułaskawieni przez prezydenta Bolesława Bieruta, który złagodził kary lub darował je w całości. Potem jednak niektórzy z nich byli ponownie aresztowani. Emilia Malessa, żona Jana Piwnika "Ponurego", wyczerpana psychicznie i fizycznie, w 1949 roku popełniła samobójstwo. Jan Rzepecki został zwolniony w 1947 roku, a Marian Gołębiewski, któremu karę zmniejszono do 15 lat, wyszedł na wolność po 9-ciu. Dopiero w 1993 Sąd Warszawskiego Okręgu Wojskowego unieważnił wyroki z 1947 roku.

Zrzeszenie Wolność i Niezawisłość pod dowództwem pułkownika Jana Rzepeckiego, zostało założone 2 września 1945 roku, w miejsce rozwiązanej Delegatury Sił Zbrojnych na Kraj. Powstałe na bazie kadr i struktur Armii Krajowej, miało być obywatelską organizacją oporu społecznego i konspiracyjnym uzupełnieniem istniejącej jeszcze wówczas legalnej opozycji. Członkowie WiN walczyli zbrojnie, choć - w założeniu - tworzyli organizację polityczną i wywiadowczą, a nie wojskową.

WiN, formalnie niezależny od rządu polskiego na uchodźstwie, przekazywał na Zachód materiały dotyczące sytuacji politycznej, gospodarczej i militarnej w kraju. Głównym celem politycznym Zrzeszenia było doprowadzenie do wolnych wyborów - zagwarantowanych przez Wielką Trójkę w Jałcie - i przekazanie struktur organizacyjnych legalnym władzom Rzeczypospolitej. To WiN między innymi poinformował Radę Bezpieczeństwa ONZ o fałszerstwach wyborczych popełnionych w referendum w 1946 roku. Domagał się opuszczenia Polski przez wojska radzieckie i NKWD oraz zaprzestania prześladowań i utworzenia apolitycznej armii. Żądał też niezależnej polityki zagranicznej, a także rewizji granicy wschodniej. W szczytowym okresie funkcjonowania, to jest w latach 1945-1946, WiN skupiał od 20 do 25 tysięcy osób. Działał do 1952 roku, kiedy to został rozpracowany i zniszczony przez Urząd Bezpieczeństwa.